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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003363

染色体: Chr01 坐标: 52376428-52377772 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003363
名称SmilChr01G003363
描述mitochondrial Rho GTPase 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52376428 - 52377772 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993389
GeneID130993389
locus_tag-
NCBI NameLOC130993389
原始查询LOC130993389

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial Rho GTPase 3-like
产物mitochondrial Rho GTPase 3-like
ArabidopsisAT3G05310 (MIRO3)
MIRO-related GTP-ase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819695]
identity=46.5; qcov=0.959; evalue=1.91e-17; confidence=low
RiceOs03g0810600 (OSJNBa0028F23.7)
-
identity=52.1; qcov=0.959; evalue=2.63e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993389

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057774247.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057774247.1
3 Spore Spore 0.20000 XP_057774247.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774247.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774247.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52376752 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 A2
Chr1:52376752 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 1 A2
Chr1:52376758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918264.1
GTAGCATGTAAATGCAGGTCTTCGAATCTGGAAGTAGCAAGTTGTTTGGGAGATATTAAGCTAAGGAGCCACTCAGCCTGTCGTGTTTCATGTCTTAACGAGATAGATCCGGACAGCTCAAGTGAATCTTCTCTCAATGGGGCAGTAGAATTGCTCTCTTATGTGGCAAGGCAAGGAGAAGAGATTGGTTTTGGGATGCCTTGTCTTCTGATTGCGGCCAAAAATGATCTAGGATCAAGTTCAACGTCAAACAGGGATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993389
ATGCCTTGTCTTCTGATTGCGGCCAAAAATGATCTAGGATCAAGTTCAACGTCAAACAGGGATCCAACCAAGATTTGTGTGGATATGGGGATCGATGCACCTATTCCCATAAGTGTGAAAGAAAGAGGTATAAATGATGTCTTCTCCAGAATTGTGAATGCAGCTCAGCAGCCTCATCTCAATGTTCCTGAAACTGATCAAAAGCGATGGAGAAGCCCGACGTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774247.1
MPCLLIAAKNDLGSSSTSNRDPTKICVDMGIDAPIPISVKERGINDVFSRIVNAAQQPHLNVPETDQKRWRSPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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