Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002312`

染色体: Chr07 坐标: 21404820-21407277 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002312`
名称	SmilChr07G002312
描述	uncharacterized SmilChr07G002312
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21404820 - 21407277 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993392`
GeneID	`130993392`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993392`
原始查询	`LOC130993392`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833712]; symbol=AT5G37380; hit=AT5G37380; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833712]; symbol=AT5G37380; hit=AT5G37380; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G37380` (AT5G37380) Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833712] identity=43.2; qcov=0.649; evalue=2.88e-71; confidence=medium
Rice	`Os03g0401200` (OsDjC30) - identity=63.3; qcov=0.312; evalue=3.88e-52; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00226 (DnaJ); PF23551 (Zn_ribbon_20)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993392

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774248.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057774248.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774248.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774248.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774248.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21406271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C31
`Chr7:21406271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr7:21406653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr7:21406724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B119,B122,B132,B81
`Chr7:21406959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr7:21406963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C19,C31
`Chr7:21407062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774248.1

445 aa

222

445

DnaJ

Zn_ribbon_20

PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 236-269 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774248.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	66	127	1.3e-20	74.0	DnaJ domain
`XP_057774248.1`	Pfam	`PF23551`	Zn_ribbon_20	Domain	236	269	2.4e-10	41.0	Zinc beta-ribbon domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918265.1
AAATATAAAAAAATAGTGGAGTAATTTCGATCTGAAAATAGTAGAAGCCCTAAATTCTGTTCATATCCATCGCGCCGTTTCTTCTTCGTTGTTTCTTCTCTTTCAGCGCTATTTCTTCTTCGTCGTCTTCTTCATCACTTTGTACTTCTTCTCATCACTCTATACTTACAATTTTCTTCGATTGCATCTTTTATTGCTTTTTCTTGAAGTCGCATCAAGAGATAATGTTTGCTATCTGAAAGCTGCTCCATGTATCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993392
ATGGAGTGCAATAAAGATGAAGCCACCAGGGCGAAGTCAATTGCTGAGAGCAAGTTACAGCAGAAGGATTTTCTCGGTGCAAAGAAGTTTACCCTGAAAGCACAAGCTCTATATCCGGGGCTTTATGGTATTTCCCAGCTGTTGACAACCCTGGATGTGTATCTATCTGCAGAGAATAAGATAAGTGGGCAAGTAGATTGGTATCGAGTGCTAGGTGTGAACCCTTCAGATGATTATGATATCATAAAAAAACAGTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774248.1
MECNKDEATRAKSIAESKLQQKDFLGAKKFTLKAQALYPGLYGISQLLTTLDVYLSAENKISGQVDWYRVLGVNPSDDYDIIKKQYKKLALMLHPDKNTSVGADGAFQLVSEAWRLLSDKEKRAIYNQRRGYKGLQQNTGGPSAPCRPQQQKVPVPPRPSPQKVPSASPRRSKKSAPSQPSQRKVSGHTGSPSVQPWPSQQKVSTQMGCTTSNQKSQSKTAKMPKTQNPHHRSDTFWTVCRECNTHFEYLKIYCNHTLLC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器