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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002325

染色体: Chr07 坐标: 21579651-21582794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002325
名称SmilChr07G002325
描述uncharacterized SmilChr07G002325
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21579651 - 21582794 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993407
GeneID130993407
locus_tag-
NCBI NameLOC130993407
原始查询LOC130993407

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835412]; symbol=AT5G53310; hit=AT5G53310; species=arabidopsis; confidence=high
产物myosin heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835412]; symbol=AT5G53310; hit=AT5G53310; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G53310 (AT5G53310)
myosin heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835412]
identity=62.6; qcov=1; evalue=2.06e-95; confidence=high
RiceOs01g0621700
-
identity=69.8; qcov=0.778; evalue=1.71e-83; confidence=high
GOGO:0003774 (cytoskeletal motor activity); GO:0016459 (myosin complex)
KEGG-
PfamPF06017 (Myosin_TH1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993407

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774268.1
2 Cell projection 细胞突起 0.60000 XP_057774268.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774268.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057774268.1
5 Pseudopodium Pseudopodium 0.40000 XP_057774268.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21580173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B42,B43,B76
Chr7:21581495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:21581668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B56,B96,C82
Chr7:21582316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B48,B84,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774268.1
221 aa
N
1
110
221
Myosin_TH1
C
PF06017 Myosin_TH1 56-209 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774268.1 Pfam PF06017 Myosin_TH1 Domain 56 209 9.6e-35 120.6 Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918285.1
GGCACTTGAGATCAAATGTAGTATTGAATTTGGTATTTCAAATTCACTTGAGATAATATTAAATTAAGAATATCCTTTTCTTTTCTTTGATCAAATAAATTAAGAATATCTTAAATTCACTAAACATGAAATTAGGAATTAAGAATTGGTGGGACTTTATCGTCACAAATAATATAATTAATTTTAATTATTAACACTATTTTGATGGTGATATCCTTTCTCTGCTCGTCGTAGAATTATTTTTAAAGTATAGAGAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993407
ATGTCGCGATTGAACTCGAGCCGTCAGATCCAAATCGATACCTCAGAGCCTCGGTACGATGACGGCGACGACGAAACCCTAGACGAAAGCAACGACGGCTTGAAATTTCAGCCGTCGAACAGCAATTTGACGGAGGATCTAGAGCCCTTTATGGGAGTCAAAGTTAGACGGAAAGCCTCTCGCCTTCGTGATTATCAGGGTGATTATATCGATGTTCAGTCCAGACCTCATCTTATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774268.1
MSRLNSSRQIQIDTSEPRYDDGDDETLDESNDGLKFQPSNSNLTEDLEPFMGVKVRRKASRLRDYQGDYIDVQSRPHLMKILEKQGDRKVLFADKVIKFTGSGKMKRRILLITDFAIYIADPDTDALKRRIALAAVEKLCLSELSDNFFAIIIPTEYDLLMASTRKTEIVTVLVDATKSASDYELEVALSNRFEYNAAAEVVKTVQFEEVEGGVKTRILQK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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