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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002328

染色体: Chr07 坐标: 21595509-21596860 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002328
名称SmilChr07G002328
描述acidic endochitinase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21595509 - 21596860 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993409
GeneID130993409
locus_tag-
NCBI NameLOC130993409
原始查询LOC130993409

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acidic endochitinase-like
产物acidic endochitinase-like
ArabidopsisAT5G24090 (CHIA)
chitinase A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832474]
identity=56.2; qcov=1; evalue=7.89e-120; confidence=high
RiceOs01g0860500 (C10501)
-
identity=60.9; qcov=0.9; evalue=1.03e-118; confidence=high
GOGO:0004568 (chitinase activity); GO:0005576 (extracellular region); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00704 (Glyco_hydro_18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993409

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057774271.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774271.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774271.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774271.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774271.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21595540 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 18 A1,A14,A8,B105,B111,B117,B127,B139,B3,B4,B41,B57,B71,B88,C17,C20,C26,C75
Chr7:21595605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,C12,C57,C86
Chr7:21595631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:21595751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B140
Chr7:21595765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:21595780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:21595874 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 57 A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A4,B102,B106,B107,B11,B113,B120,B129,B130,B136,B14,B17,B20,B30,B37,B4,B40,B41,B44,B55,B60,B69,B75,B8,B83,B85,B88,B9,B93,B95,C2,C20,C25,C29,C33,C47,C5,C55,C58,C59,C60,C64,C66,C71,C73,C74,C81,C83,D9
Chr7:21595904 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 58 A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A4,B102,B106,B107,B11,B113,B120,B129,B130,B136,B14,B17,B20,B30,B37,B4,B40,B41,B44,B55,B60,B69,B75,B8,B83,B85,B88,B9,B93,B95,C2,C20,C25,C29,C33,C44,C47,C5,C55,C58,C59,C60,C64,C66,C71,C73,C74,C81,C83,D9
Chr7:21595919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B68,B9,D10
Chr7:21595924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,A4
Chr7:21595949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:21595967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774271.1
290 aa
N
1
145
290
Glyco_hydro_18
C
PF00704 Glyco_hydro_18 25-223 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774271.1 Pfam PF00704 Glyco_hydro_18 Domain 25 223 2.5e-21 77.4 Glycosyl hydrolases family 18

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918288.1
TAACTCTCTTCAGCAACAACTAAACTGGAAATGGCATCCTATTCCTATTCCCTCCTCCTTCTCTTTATCCTCACCACCTTCACCTCCTCCGAAGCCGCCGGAATCGCCACCTACTGGGGCCAGAACGGCAACGAGGGCACCCTCGCCGATGCATGCAACTCCGGCAACTACCAATACGTCAACATTGCATTCCTAAACGTCTTCGGCAACGGCCAAACCCCCTCCCTCAACCTCGCCGGCCACTGCAACCCCGCCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993409
ATGGCATCCTATTCCTATTCCCTCCTCCTTCTCTTTATCCTCACCACCTTCACCTCCTCCGAAGCCGCCGGAATCGCCACCTACTGGGGCCAGAACGGCAACGAGGGCACCCTCGCCGATGCATGCAACTCCGGCAACTACCAATACGTCAACATTGCATTCCTAAACGTCTTCGGCAACGGCCAAACCCCCTCCCTCAACCTCGCCGGCCACTGCAACCCCGCCGCCGGCACCTGCACTGGCATCAGCGACGACATCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774271.1
MASYSYSLLLLFILTTFTSSEAAGIATYWGQNGNEGTLADACNSGNYQYVNIAFLNVFGNGQTPSLNLAGHCNPAAGTCTGISDDIRTCQSLGIKVLLSLGGQIGTYSLASADDASQVADYLWNSYLGGSSGTRPLGDAVLDGIDFDIEMGAGQPWDELARALSGYNAQRKVYLSAAPQCPIPDAVLDAAIQTGLFDYIWVQFYNNQQCDYSGGIDGVLARWNQWAAVPGGQVFMGVPASTAAAGTGYIPPDVLNSQVLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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