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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003502

染色体: Chr01 坐标: 53613710-53616050 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003502
名称SmilChr01G003502
描述NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53613710 - 53616050 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993417
GeneID130993417
locus_tag-
NCBI NameLOC130993417
原始查询LOC130993417

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2-like
产物NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2-like
ArabidopsisAT1G76200 (AT1G76200)
NADH dehydrogenase ubiquinone 1 beta subcomplex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843953]
identity=91.7; qcov=0.738; evalue=6.45e-28; confidence=medium
RiceOs05g0122900 (OsBLE1)
-
identity=76.6; qcov=0.723; evalue=2.77e-21; confidence=medium
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005747 (GO:0005747)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774280.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057774280.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057774280.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774280.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774280.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53614705 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918297.1
AATAATAGAATGATTAATGTCTAATGTTAAAGATTTTGAGTTCGAATTTACATTCCACAATCTTTGATTTTCTTTGTTAATTTATTAATTTATCAAAAAAAGAAAAAGAATAAAAAAAAGAGCAATGAAACGATGAGTTTGAATTGGAAATATAGAATAGTTTGGGTACAATATGAGATATTCGAAAACTTCGAGGGCAGTTTAAAGTTCCAATTTTGATCTTCATTTCAGTTTCCCCCAAATTACATAGCTCTTCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993417
ATGGGCGGAGGACACGGCCACGGCCATGGCATCACGTACAAAGGCGTGACTCTGCATCAGCCTAAGCGCTGGCACACTGTCACCGGCAAAGGCCTCTGTGCCGTCATGTGGTTTTGGATTCTCTATAGGGCAAAACAAGATGGCCCTGTTGTGTTGGGCTGGAGACATCCTTGGGAAGGTCATGATGATCATCACTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774280.1
MGGGHGHGHGITYKGVTLHQPKRWHTVTGKGLCAVMWFWILYRAKQDGPVVLGWRHPWEGHDDHH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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