当前解析结果
SmilChr07G002339| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002339 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002339 |
| 描述 | probable membrane-associated kinase regulator 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21730108 - 21731981 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993418 |
|---|---|
| GeneID | 130993418 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993418 |
| 原始查询 | LOC130993418 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable membrane-associated kinase regulator 2 |
| 产物 | probable membrane-associated kinase regulator 2 |
| Arabidopsis | AT1G64080 (MAKR2)membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842712] identity=29.8; qcov=0.657; evalue=5.63e-12; confidence=low |
| Rice | Os01g0226200- identity=28.2; qcov=0.677; evalue=4.64e-08; confidence=low |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30362 (MAKR5_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993418 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057774278.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057774278.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057774278.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057774278.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774278.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21730515 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 97 | A1,A10,A11,A13,A15,A16,A23,A4,A5,A6,A8,B1,B100,B102,B11,B110,B113,B131,B133,B134,B135,B16,B17,B18,B19,B2,B23,B24,B26,B28,B29,B3,B32,B37,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B54,B55,B61,B62,B64,B66,B68,B7,B73,B74,B75,B80,B86,B87,B9,B90,B92,B95,B97,B99,C10,C17,C18,C21,C22,C27,C29,C30,C32,C37,C38,C39,C43,C46,C49,C53,C54,C57,C62,C63,C64,C66,C68,C74,C76,C78,C79,C8,C80,C82,C85,C87,C9,D1,D2,D4,D9 |
Chr7:21730706 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B140,C14 |
Chr7:21730720 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B58,C48 |
Chr7:21730815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr7:21730861 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B59,C29,C72 |
Chr7:21730945 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C18,C70 |
Chr7:21730947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,A9,B101,B140 |
Chr7:21730976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:21730991 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:21731213 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,C26 |
Chr7:21731247 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,C31,C4,D7 |
Chr7:21731398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774278.1PF30362
MAKR5_C 76-342 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774278.1 |
Pfam | PF30362 |
MAKR5_C | Domain | 76 | 342 | 1.5e-56 | 192.9 | Membrane-associated kinase regulator 5 helix |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。