Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002344`

染色体: Chr07 坐标: 21781569-21784859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002344`
名称	SmilChr07G002344
描述	uncharacterized SmilChr07G002344
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21781569 - 21784859 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993421`
GeneID	`130993421`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993421`
原始查询	`LOC130993421`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841539]; symbol=AT1G51160; hit=AT1G51160; species=arabidopsis; confidence=high
产物	SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841539]; symbol=AT1G51160; hit=AT1G51160; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G51160` (AT1G51160) SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841539] identity=86.3; qcov=0.994; evalue=1.51e-111; confidence=high
Rice	`Os01g0513700` (P0504D03.30-1) - identity=77.5; qcov=0.87; evalue=3.78e-86; confidence=high
GO	GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030008 (TRAPP complex)
KEGG	-
Pfam	PF04099 (Sybindin); PF04628 (Sedlin_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057774283.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.80000	`XP_057774283.1`
3	Vesicle	囊泡	0.60000	`XP_057774282.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.60000	`XP_057774283.1`
5	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057774282.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21783182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B70,C14,C40,C55
`Chr7:21784495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:21784516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B59,B75,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774282.1

170 aa

170

Sybindin

Sedlin_N

PF04099 Sybindin 24-156 aa PF04628 Sedlin_N 98-155 aa

XP_057774283.1

169 aa

169

Sybindin

Sedlin_N

PF04099 Sybindin 24-166 aa PF04628 Sedlin_N 98-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774282.1`	Pfam	`PF04099`	Sybindin	Family	24	156	8.5e-47	159.5	Sybindin-like family
`XP_057774282.1`	Pfam	`PF04628`	Sedlin_N	Family	98	155	2.1e-05	25.4	Sedlin
`XP_057774283.1`	Pfam	`PF04099`	Sybindin	Family	24	166	6.9e-53	179.2	Sybindin-like family
`XP_057774283.1`	Pfam	`PF04628`	Sedlin_N	Family	98	166	2.9e-07	31.4	Sedlin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918300.1
AGGAATCAAAATTGTAATCGATATGTATGCACATAATAAGAAGTTTTTATATTCTAATATTCATCAAAATTGAAAACAAAAATTTACGGCAATCCTAAGACTAAGACGAGTATTTTTCGAAAATAGAAGTAAAAAGGGAATTTTTTTTTTGCATTTTATTGGTTTATCGTGGAGACAAAAATCCTGTGTGAAATCCTGAGCGATCGCGCAACTTTGTGCTGAAAGCAAGCGAGGCGAGCAATTCGATCTCATCTCCCAAC...

XM_057918299.1
CTAATATTCATCAAAATTGAAAACAAAAATTTACGGCAATCCTAAGACTAAGACGAGTATTTTTCGAAAATAGAAGTAAAAAGGGAATTTTTTTTTTGCATTTTATTGGTTTATCGTGGAGACAAAAATCCTGTGTGAAATCCTGAGCGATCGCGCAACTTTGTGCTGAAAGCAAGCGAGGCGAGCAATTCGATCTCATCTCCCAACAAAATGCAGTTCTTTGGCGGCACAGAAATCAGTCCCTCTCCTCCGGTGCCGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130993421
ATGCAGTTCTTTGGCGGCACAGAAATCAGTCCCTCTCCTCCGGTGCCGACGGCATCTGGCAACAACGGGCATATGATGTACGTGTTCAACAGAAATGGAGTGTGCCTGCTCTACAGGGAGTGGAATCGACCGCTCAAGACTCTCAGTTCGCAGCAAGATCACAAGCTCATGTTTGGACTCCTCTTCTCCCTCAAATCGTTGACTGCAAAGATGGATCCCATCAGTGTTGAAAAAGGGAATCTTGGGGTACCTCAGCTACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057774282.1
MQFFGGTEISPSPPVPTASGNNGHMMYVFNRNGVCLLYREWNRPLKTLSSQQDHKLMFGLLFSLKSLTAKMDPISVEKGNLGVPQLPGQGCSFHSFRTNTYKLSFMESPSGIKIILVTHPRTGDLRDSLKYIYNLYVEYVVKNPLYSPGTPIRSVLIFSVRYILKLDDYI

XP_057774283.1
MQFFGGTEISPSPPVPTASGNNGHMMYVFNRNGVCLLYREWNRPLKTLSSQQDHKLMFGLLFSLKSLTAKMDPISVEKGNLGVPQLPGQGCSFHSFRTNTYKLSFMESPSGIKIILVTHPRTGDLRDSLKYIYNLYVEYVVKNPLYSPGTPIRCELFNKTVDQYVRGLG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器