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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002368

染色体: Chr07 坐标: 21996539-21998708 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002368
名称SmilChr07G002368
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g32630-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21996539 - 21998708 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993446
GeneID130993446
locus_tag-
NCBI NameLOC130993446
原始查询LOC130993446

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g32630-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g32630-like
ArabidopsisAT2G32630 (AT2G32630)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817823]
identity=48.2; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0671200 (P0470D12.117)
-
identity=43.8; qcov=0.82; evalue=1.27e-143; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993446

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774317.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774317.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774317.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774317.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774317.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21997028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr7:21997215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr7:21997265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B8,C5
Chr7:21997577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C63
Chr7:21997628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774317.1
612 aa
N
1
306
612
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 150-176 aa PF13041 PPR_2 215-262 aa PF01535 PPR 217-246 aa PF13812 PPR_3 236-289 aa PF23276 TPR_24 241-345 aa PF01535 PPR 251-281 aa PF13041 PPR_2 252-292 aa PF17177 PPR_long 299-404 aa PF01535 PPR 301-316 aa PF23276 TPR_24 304-384 aa PF13812 PPR_3 306-363 aa PF12854 PPR_1 314-345 aa PF13041 PPR_2 319-367 aa PF01535 PPR 322-351 aa PF12854 PPR_1 349-382 aa PF13041 PPR_2 354-390 aa PF01535 PPR 357-386 aa PF13812 PPR_3 377-431 aa PF12854 PPR_1 384-414 aa PF13041 PPR_2 389-437 aa PF01535 PPR 391-421 aa PF12854 PPR_1 419-448 aa PF01535 PPR 427-451 aa PF17177 PPR_long 449-534 aa PF12854 PPR_1 451-484 aa PF13812 PPR_3 452-502 aa PF13041 PPR_2 455-496 aa PF01535 PPR 458-487 aa PF12854 PPR_1 487-518 aa PF13041 PPR_2 490-538 aa PF01535 PPR 493-523 aa PF23276 TPR_24 494-587 aa PF17177 PPR_long 509-603 aa PF13812 PPR_3 516-562 aa PF12854 PPR_1 521-554 aa PF01535 PPR 528-558 aa PF13041 PPR_2 532-574 aa PF13812 PPR_3 548-605 aa PF12854 PPR_1 556-588 aa PF13041 PPR_2 560-606 aa PF01535 PPR 564-593 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 176 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 215 262 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 246 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 236 289 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774317.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 241 345 1.8e-33 116.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 281 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 252 292 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 299 404 8.7e-37 127.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 301 316 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 304 384 1.8e-33 116.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057774317.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 306 363 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 314 345 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 319 367 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 351 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 349 382 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 354 390 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 357 386 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 377 431 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 384 414 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 389 437 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 391 421 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 419 448 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 427 451 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 449 534 8.7e-37 127.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 451 484 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 452 502 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 455 496 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 458 487 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 487 518 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 490 538 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 493 523 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 494 587 1.8e-33 116.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057774317.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 509 603 8.7e-37 127.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057774317.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 516 562 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 521 554 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 528 558 7.6e-88 283.6 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 532 574 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 548 605 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774317.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 556 588 2.5e-97 319.0 PPR repeat
XP_057774317.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 560 606 6.4e-118 385.5 PPR repeat family
XP_057774317.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 564 593 7.6e-88 283.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918334.1
ATTCACCGAGCTTATTTATACTCAAGAAAATCATCTGCACACAGCACACTGCACTGATAAAAATAAGAACTTAAACACTCCATTTTTGAAGGAGAAACTTGCCGAGCTATACAAGAATAGTAGAAGTATTCACCGAAAGTGGATTGAATTCAAGTTCCGCCGCAGACTGTGGAACATTCATTCGCACAATTCCATGTCCAAGCAAGGATTCTACCAGACCGCAAAACAAGTTTTCACCTCAGTATCTACTTCAAAATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993446
ATGTCCAAGCAAGGATTCTACCAGACCGCAAAACAAGTTTTCACCTCAGTATCTACTTCAAAATCCAATCAACACACCGCTAATTTGATTGCCAAATCCCTCATCAATTCGACCCCAAAATCTCTCAAAATTTCACAATCTCTCATTTCCAAACTGAACCCGCATATCACACACCATGTTCTCTCGAACCCACGAATTCCCAGCTCTTGTTGCCTGCGTTTCTTCAAGTTTCTGCGGACGAATCAGTCTATCACTCCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774317.1
MSKQGFYQTAKQVFTSVSTSKSNQHTANLIAKSLINSTPKSLKISQSLISKLNPHITHHVLSNPRIPSSCCLRFFKFLRTNQSITPPKPDLESHIIIILRLFGARKFAEAKNILSAAVVDEDLRCPFSELTSLVSKSCVEPGVKIKLFDMLFRVYADNRKFDEGLEVFEYMVNSGFEIDERSCMVYLVALKKCNRFGSLYDFFQKMVECNVMITVYSMTLVIDGLCKRKEVEKARKLMHDLVRRGVKPSAYTFNTLIDAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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