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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002369

染色体: Chr07 坐标: 21999117-22002979 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002369
名称SmilChr07G002369
描述dephospho-CoA kinase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21999117 - 22002979 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993451
GeneID130993451
locus_tag-
NCBI NameLOC130993451
原始查询LOC130993451

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dephospho-CoA kinase-like
产物dephospho-CoA kinase-like
ArabidopsisAT2G27490 (ATCOAE)
dephospho-CoA kinase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817294]
identity=67.8; qcov=0.991; evalue=4.94e-115; confidence=high
RiceOs01g0360600
-
identity=65.1; qcov=1; evalue=3.85e-110; confidence=high
GOGO:0004140 (dephospho-CoA kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0015937 (coenzyme A biosynthetic process)
KEGGsmil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01121 (CoaE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993451

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057774332.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057774332.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057774332.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057774332.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774332.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22000971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B8,B84,C57,C76
Chr7:22001167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:22001183 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B137
Chr7:22001183 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B137
Chr7:22001229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C42
Chr7:22002231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C52
Chr7:22002237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:22002262 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B21,B51,B85,C27
Chr7:22002262 TG T 1bp_deletion CDS_variant 4 B21,B51,B85,C27
Chr7:22002271 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B112
Chr7:22002271 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B112
Chr7:22002293 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A16,B12,B45,B74,C28,C59,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774332.1
229 aa
N
1
114
229
CoaE
C
PF01121 CoaE 3-182 aa
XP_057774333.1
229 aa
N
1
114
229
CoaE
C
PF01121 CoaE 3-182 aa
XP_057774334.1
229 aa
N
1
114
229
CoaE
C
PF01121 CoaE 3-182 aa
XP_057774335.1
229 aa
N
1
114
229
CoaE
C
PF01121 CoaE 3-182 aa
XP_057774336.1
229 aa
N
1
114
229
CoaE
C
PF01121 CoaE 3-182 aa
XP_057774337.1
229 aa
N
1
114
229
CoaE
C
PF01121 CoaE 3-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774332.1 Pfam PF01121 CoaE Domain 3 182 1.9e-58 197.8 Dephospho-CoA kinase
XP_057774333.1 Pfam PF01121 CoaE Domain 3 182 1.9e-58 197.8 Dephospho-CoA kinase
XP_057774334.1 Pfam PF01121 CoaE Domain 3 182 1.9e-58 197.8 Dephospho-CoA kinase
XP_057774335.1 Pfam PF01121 CoaE Domain 3 182 1.9e-58 197.8 Dephospho-CoA kinase
XP_057774336.1 Pfam PF01121 CoaE Domain 3 182 1.9e-58 197.8 Dephospho-CoA kinase
XP_057774337.1 Pfam PF01121 CoaE Domain 3 182 1.9e-58 197.8 Dephospho-CoA kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918349.1
TACCCTCTAGTGAATTTGAATTACACACAAACCCTAACTCCCTCCCTATTCGATCAGCAGCAGCCAGTAGCCTAACTCAGCACGCTGCAGTCTGCACGCAGCAGCCAGTAGCCACCCCCAATCGATCATCTCTCTCTCGGTTGCCGGCGACCGGCGACACGCACTCCGGCGCGACGGCACACTCCGACACGACGGCGGCTCATCTTTCCAGCGAAGATCCGACGATCTTAACAGCAGCAGCAGTGCAGCACGGTCCGGCG...
XM_057918354.1
TACCCTCTAGTGAATTTGAATTACACACAAACCCTAACTCCCTCCCTATTCGATCAGCAGCAGCCAGTAGCCTAACTCAGCACGCTGCAGTCTGCACGCAGCAGCCAGTAGCCACCCCCAATCGATCATCTCTCTCTCGGTTGCCGGCGACCGGCGACACGCACTCCGGCGCGACGGCACACTCCGACACGACGGCGGCTCATCTTTCCAGCGAAGATCCGACGATCTTAACAGCAGCAGCAGTGCAGCACGGTCCGGCG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130993451
ATGAGGATTGTCGGACTGACCGGCGGCATAGGATCGGGCAAGAGTACGGTTTCAAATCTCTTCAAAGCTCAGGGTATTCCCGTCGTCGATGCTGACGTTGTAGCTCGCAATGTTCTGAAGAAAGGAACTGGTGGGTGGAGGAAAGTGGTGGCTGCGTTCGGCAACGAGATTTTGCTGCCCAGCGGGGAAGTCGATCGGCCGAAGCTAGGGCAAATTGTGTTCAATGATCTTAATAAGCGTCAGCTACTTAATAGGTTGCT...
LOC130993451
ATGAGGATTGTCGGACTGACCGGCGGCATAGGATCGGGCAAGAGTACGGTTTCAAATCTCTTCAAAGCTCAGGGTATTCCCGTCGTCGATGCTGACGTTGTAGCTCGCAATGTTCTGAAGAAAGGAACTGGTGGGTGGAGGAAAGTGGTGGCTGCGTTCGGCAACGAGATTTTGCTGCCCAGCGGGGAAGTCGATCGGCCGAAGCTAGGGCAAATTGTGTTCAATGATCTTAATAAGCGTCAGCTACTTAATAGGTTGCT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057774332.1
MRIVGLTGGIGSGKSTVSNLFKAQGIPVVDADVVARNVLKKGTGGWRKVVAAFGNEILLPSGEVDRPKLGQIVFNDLNKRQLLNRLLAPYISSRIFLEVFKLWMKGCKIIVLDVPLLFEAKMDKWTKPIIVVWVDPKTQLERLMSRDGTTAEDANSRINARMPLDLKKTKADIVIDNSGSLDDLSERFRQSLVDVKKPLTWTEFGLCRDGALVAFVSILCGVIICRKAL
XP_057774333.1
MRIVGLTGGIGSGKSTVSNLFKAQGIPVVDADVVARNVLKKGTGGWRKVVAAFGNEILLPSGEVDRPKLGQIVFNDLNKRQLLNRLLAPYISSRIFLEVFKLWMKGCKIIVLDVPLLFEAKMDKWTKPIIVVWVDPKTQLERLMSRDGTTAEDANSRINARMPLDLKKTKADIVIDNSGSLDDLSERFRQSLVDVKKPLTWTEFGLCRDGALVAFVSILCGVIICRKAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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