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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002393

染色体: Chr07 坐标: 22304991-22315170 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002393
名称SmilChr07G002393
描述cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22304991 - 22315170 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993477
GeneID130993477
locus_tag-
NCBI NameLOC130993477
原始查询LOC130993477

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
产物cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
ArabidopsisAT5G23880 (CPSF100)
cleavage and polyadenylation specificity factor 100 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832453]
identity=70.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0569400
-
identity=70.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005847 (mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex); GO:0006378 (GO:0006378); GO:0006398 (mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00753 (Lactamase_B); PF07521 (RMMBL); PF10996 (Beta-Casp); PF13299 (CPSF100_C); PF16661 (Lactamase_B_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993477

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774360.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774360.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774357.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057774360.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774357.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22307387 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 8 B100,B112,B135,B25,B38,B62,C8,D7
Chr7:22307392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B25,D7
Chr7:22307418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B25,B64,B69
Chr7:22307423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B25,B64
Chr7:22307433 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr7:22307433 TTA T 2bp_deletion CDS_variant 1 A11
Chr7:22307972 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 15 A11,A15,A21,B2,B28,B40,B64,B99,C11,C27,C54,C69,C75,D4,D9
Chr7:22307974 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 15 A11,A15,A21,B2,B28,B40,B64,B99,C11,C27,C54,C69,C75,D4,D9
Chr7:22307979 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 15 A11,A15,A21,B2,B28,B40,B64,B99,C11,C27,C54,C69,C75,D4,D9
Chr7:22308186 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B112,B39,B62,C6,C79,C8
Chr7:22308210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr7:22308772 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 2 A15,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774357.1
739 aa
N
1
370
739
Lactamase_B
Lactamase_B_6
Beta-Casp
RMMBL
CPSF100_C
C
PF00753 Lactamase_B 19-97 aa PF16661 Lactamase_B_6 22-198 aa PF10996 Beta-Casp 243-365 aa PF07521 RMMBL 536-586 aa PF13299 CPSF100_C 645-736 aa
XP_057774358.1
739 aa
N
1
370
739
Lactamase_B
Lactamase_B_6
Beta-Casp
RMMBL
CPSF100_C
C
PF00753 Lactamase_B 19-97 aa PF16661 Lactamase_B_6 22-198 aa PF10996 Beta-Casp 243-365 aa PF07521 RMMBL 536-586 aa PF13299 CPSF100_C 645-736 aa
XP_057774359.1
739 aa
N
1
370
739
Lactamase_B
Lactamase_B_6
Beta-Casp
RMMBL
CPSF100_C
C
PF00753 Lactamase_B 19-97 aa PF16661 Lactamase_B_6 22-198 aa PF10996 Beta-Casp 243-365 aa PF07521 RMMBL 536-586 aa PF13299 CPSF100_C 645-736 aa
XP_057774360.1
603 aa
N
1
302
603
Lactamase_B_6
Beta-Casp
RMMBL
CPSF100_C
C
PF16661 Lactamase_B_6 2-62 aa PF10996 Beta-Casp 107-229 aa PF07521 RMMBL 400-450 aa PF13299 CPSF100_C 509-600 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774357.1 Pfam PF00753 Lactamase_B Domain 19 97 6.8e-07 30.1 Metallo-beta-lactamase superfamily
XP_057774357.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 22 198 1e-54 185.6 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057774357.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 243 365 1.8e-22 80.9 Beta-Casp domain
XP_057774357.1 Pfam PF07521 RMMBL Motif 536 586 1.2e-09 38.7 Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain
XP_057774357.1 Pfam PF13299 CPSF100_C Family 645 736 7.4e-23 82.3 Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal
XP_057774358.1 Pfam PF00753 Lactamase_B Domain 19 97 6.8e-07 30.1 Metallo-beta-lactamase superfamily
XP_057774358.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 22 198 1e-54 185.6 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057774358.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 243 365 1.8e-22 80.9 Beta-Casp domain
XP_057774358.1 Pfam PF07521 RMMBL Motif 536 586 1.2e-09 38.7 Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain
XP_057774358.1 Pfam PF13299 CPSF100_C Family 645 736 7.4e-23 82.3 Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal
XP_057774359.1 Pfam PF00753 Lactamase_B Domain 19 97 6.8e-07 30.1 Metallo-beta-lactamase superfamily
XP_057774359.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 22 198 1e-54 185.6 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057774359.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 243 365 1.8e-22 80.9 Beta-Casp domain
XP_057774359.1 Pfam PF07521 RMMBL Motif 536 586 1.2e-09 38.7 Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain
XP_057774359.1 Pfam PF13299 CPSF100_C Family 645 736 7.4e-23 82.3 Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal
XP_057774360.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 2 62 2.4e-17 63.7 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057774360.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 107 229 1.3e-22 81.3 Beta-Casp domain
XP_057774360.1 Pfam PF07521 RMMBL Motif 400 450 9.1e-10 39.1 Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain
XP_057774360.1 Pfam PF13299 CPSF100_C Family 509 600 3.2e-23 83.5 Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918375.1
AAAATACTTAGAACGGGCAAAGAATAGTTTATTTTTAAGTTTCCAGGAAGAAGAAAGAGATACCGAAAGTTTCCAAGAAGAAAGAATGACGCTCTTCTCCAACAAGTTCACTCGTGGAAAAAAAAGCCCTAAATTACCCGTTTCTGTGGCGCTGCGTTTTCCCGCGTAAAATCCTCAAGCACCGGAGCTACGACGGTGAAGCGCCGAAAAAATCTGAGGCTGTAGAAGATAAATAACCCACATTGAAATGGGGACGTCAG...
XM_057918376.1
CTTAGAACGGGCAAAGAATAGTTTATTTTTAAGTTTCCAGGAAGAAGAAAGAGATACCGAAAGTTTCCAAGAAGAAAGAATGGTTGGAAATACTACGCTCTTCTCCAACAAGTTCACTCGTGGAAAAAAAAGCCCTAAATTACCCGTTTCTGTGGCGCTGCGTTTTCCCGCGTAAAATCCTCAAGCACCGGAGCTACGACGGTGAAGCGCCGAAAAAATCTGAGGCTGTAGAAGATAAATAACCCACATTGAAATGGGGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993477
ATGGGGACGTCAGTGCAGGTGAAGCCGCTGTGTGGAGTGTACAACGAGAATCCGCTGTCGTACTTAGTCTCAATCGACGGTTTCAATTTCCTCGTCGACTGCGGTTGGAACGACCAGTTCGACACCTCTCTTCTAGAACCCCTATCCAGGGTTGCTTCAACTGTGGATGCTGTCTTACTATCACACTCAGACACACTTCATCTTGGTGCTTTACCTTATGCTATGAAGCAATTTGGAATTTCTGCTCCAGTGTTTGCAAC...
LOC130993477
ATGGGGACGTCAGTGCAGGTGAAGCCGCTGTGTGGAGTGTACAACGAGAATCCGCTGTCGTACTTAGTCTCAATCGACGGTTTCAATTTCCTCGTCGACTGCGGTTGGAACGACCAGTTCGACACCTCTCTTCTAGAACCCCTATCCAGGGTTGCTTCAACTGTGGATGCTGTCTTACTATCACACTCAGACACACTTCATCTTGGTGCTTTACCTTATGCTATGAAGCAATTTGGAATTTCTGCTCCAGTGTTTGCAAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057774357.1
MGTSVQVKPLCGVYNENPLSYLVSIDGFNFLVDCGWNDQFDTSLLEPLSRVASTVDAVLLSHSDTLHLGALPYAMKQFGISAPVFATEPVYRLGLLTMYDHYLSRKQVSEFDLFTLDDIDSAFQNIIRLTYSQNYYMSGKGEGIVIAPLAAGHLLGGTFWKITKDGEDVIYAVDFNHRKEKLLNGTVLESFVRPAVLITDAYNALLSNQPPRRQKDQQLLDAILKTLRADGNILVPVDTAGRVLELLLILEQYWEHQHLT...
XP_057774358.1
MGTSVQVKPLCGVYNENPLSYLVSIDGFNFLVDCGWNDQFDTSLLEPLSRVASTVDAVLLSHSDTLHLGALPYAMKQFGISAPVFATEPVYRLGLLTMYDHYLSRKQVSEFDLFTLDDIDSAFQNIIRLTYSQNYYMSGKGEGIVIAPLAAGHLLGGTFWKITKDGEDVIYAVDFNHRKEKLLNGTVLESFVRPAVLITDAYNALLSNQPPRRQKDQQLLDAILKTLRADGNILVPVDTAGRVLELLLILEQYWEHQHLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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