Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002415

染色体: Chr07 坐标: 22509593-22511319 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002415
名称SmilChr07G002415
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22509593 - 22511319 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993498
GeneID130993498
locus_tag-
NCBI NameLOC130993498
原始查询LOC130993498

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=29.2; qcov=1.1; evalue=6.7e-84; confidence=low
RiceOs06g0152500
-
identity=31.4; qcov=0.779; evalue=2.36e-65; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057774384.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057774384.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774384.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774384.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774384.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22509820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B51,B85,C27,C44
Chr7:22509964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,C37,D10,D4
Chr7:22510002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B19
Chr7:22510042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C23
Chr7:22510530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C35
Chr7:22510606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr7:22510641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:22510705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:22510724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:22511052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:22511249 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 58 A11,A15,A21,B101,B106,B11,B114,B118,B120,B124,B125,B13,B134,B137,B138,B14,B16,B17,B2,B20,B29,B30,B31,B33,B36,B38,B39,B4,B48,B49,B63,B66,B67,B69,B80,B93,B94,C18,C2,C20,C24,C33,C36,C41,C42,C45,C46,C48,C49,C60,C7,C73,C76,C77,C8,C85,D2,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774384.1
524 aa
N
1
262
524
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 69-117 aa PF13041 PPR_2 70-118 aa PF01535 PPR 74-103 aa PF13812 PPR_3 94-150 aa PF01535 PPR 108-137 aa PF01535 PPR 144-171 aa PF23276 TPR_24 180-308 aa PF13812 PPR_3 204-258 aa PF12854 PPR_1 208-240 aa PF13041 PPR_2 211-250 aa PF01535 PPR 215-244 aa PF13812 PPR_3 235-280 aa PF12854 PPR_1 242-274 aa PF13041 PPR_2 246-295 aa PF01535 PPR 249-275 aa PF13812 PPR_3 270-326 aa PF12854 PPR_1 281-308 aa PF13041 PPR_2 282-328 aa PF01535 PPR 284-313 aa PF13041 PPR_2 317-365 aa PF01535 PPR 319-346 aa PF17177 PPR_long 334-462 aa PF13812 PPR_3 339-396 aa PF12854 PPR_1 349-377 aa PF01535 PPR 355-384 aa PF13041 PPR_2 359-400 aa PF12854 PPR_1 382-412 aa PF13041 PPR_2 386-422 aa PF01535 PPR 389-419 aa PF13812 PPR_3 409-467 aa PF13041 PPR_2 421-469 aa PF01535 PPR 425-454 aa PF01535 PPR 459-489 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 69 117 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 70 118 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 74 103 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 94 150 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 108 137 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 144 171 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 180 308 1.1e-23 84.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 204 258 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 208 240 3.1e-89 293.1 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 211 250 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 215 244 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 235 280 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 242 274 3.1e-89 293.1 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 246 295 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 275 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 270 326 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 281 308 3.1e-89 293.1 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 282 328 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 284 313 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 317 365 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 319 346 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 334 462 4.4e-21 75.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 339 396 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 349 377 3.1e-89 293.1 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 384 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 359 400 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 382 412 3.1e-89 293.1 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 386 422 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 389 419 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 409 467 7.3e-47 158.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774384.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 421 469 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 425 454 5.5e-76 246.4 PPR repeat
XP_057774384.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 459 489 5.5e-76 246.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918401.1
TTGGCTAAATTATTAAGTTCCCAAGAATCCATTATCCACTCTTCTCATAATCTCACCTTTGAAAAAACAAAACGAACAAACAAACTATAGCCAAAATGATAAGTCTAAACGTCACAGATTCTGCAATTCACCTCTTCAGCAGCGGTGTCGCGGTGAAATCCATCTATGCATCTCGCGACTTTAATGGCCAAGAGAGGCCGTCGCTTCCGCGGAAGCCCAGAAACAGAGTAGATTTTAGCAGCATTCGCTACTCGAGCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993498
ATGATAAGTCTAAACGTCACAGATTCTGCAATTCACCTCTTCAGCAGCGGTGTCGCGGTGAAATCCATCTATGCATCTCGCGACTTTAATGGCCAAGAGAGGCCGTCGCTTCCGCGGAAGCCCAGAAACAGAGTAGATTTTAGCAGCATTCGCTACTCGAGCGACGCGATTCGGTCGCTGCGGGAGCTGGCGTCGATGTCGCCCGAGCCCTCCATCCGCGTCTACAATAATCTGTTGAGCGTCATTGCCAAGAAGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774384.1
MISLNVTDSAIHLFSSGVAVKSIYASRDFNGQERPSLPRKPRNRVDFSSIRYSSDAIRSLRELASMSPEPSIRVYNNLLSVIAKKELYSVALDVFDEMRHLGVAADWYTMNIVINCCCLLKRVDVGFSVLGVFIKNGYDPNGTTFNTLLKGLFLAGEIGEAEFLFKKILSFKLCVINDVMILTVVNGLSKTGKLLTARDMLLALDEAGYEPNVRAYNAVIDGLSKRGMVDDALLLLSEMVEKGVSPSVVTCNALIDGYCS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器