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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002420

染色体: Chr07 坐标: 22537571-22538300 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002420
名称SmilChr07G002420
描述uncharacterized SmilChr07G002420
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22537571 - 22538300 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993503
GeneID130993503
locus_tag-
NCBI NameLOC130993503
原始查询LOC130993503

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Sugar isomerase (SIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835295]; symbol=AT5G52190; hit=AT5G52190; species=arabidopsis; confidence=high
产物Sugar isomerase (SIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835295]; symbol=AT5G52190; hit=AT5G52190; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G52190 (AT5G52190)
Sugar isomerase (SIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835295]
identity=57.7; qcov=1.06; evalue=3.15e-78; confidence=high
RiceOs04g0568600
-
identity=67.7; qcov=0.806; evalue=6.19e-69; confidence=high
GOGO:0016853 (isomerase activity); GO:0097367 (carbohydrate derivative binding); GO:1901135 (carbohydrate derivative metabolic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993503

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774392.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057774392.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774392.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774392.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774392.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22537580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B115,B20,C48
Chr7:22537666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B51,B85,C27,C44
Chr7:22537714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B19
Chr7:22537875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr7:22538126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918409.1
ATGGCTAAAGTCGAGGCTTCCGAATCAGCGGCTCTGGCCGCCCAAATCTGCAATCAAGTTTCTTCCGTCTTTGCGAGCCCCACCTCCTCCCCACCGGCCCTGAGCACAGTGGTGGAGGAAATCTGGGCGGCGTGGAAGCGCGGCGGAAAAATCATGGTGTACGGCGTGGGGCGCGAAGGGCTAATGATGAAGGCCCTGTGCATGAGGCTATTCCACTTGGGGCTCTCCGCCCACTGCGTCTTCGACATGACCACTCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993503
ATGGCTAAAGTCGAGGCTTCCGAATCAGCGGCTCTGGCCGCCCAAATCTGCAATCAAGTTTCTTCCGTCTTTGCGAGCCCCACCTCCTCCCCACCGGCCCTGAGCACAGTGGTGGAGGAAATCTGGGCGGCGTGGAAGCGCGGCGGAAAAATCATGGTGTACGGCGTGGGGCGCGAAGGGCTAATGATGAAGGCCCTGTGCATGAGGCTATTCCACTTGGGGCTCTCCGCCCACTGCGTCTTCGACATGACCACTCCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774392.1
MAKVEASESAALAAQICNQVSSVFASPTSSPPALSTVVEEIWAAWKRGGKIMVYGVGREGLMMKALCMRLFHLGLSAHCVFDMTTPPIAPPDLLIASAGPGGFSTVDAICGVGRSAGARVLLLTAQPSWVKCGSVSVVAHIPAQTMADAEQDLALLPMGSVYEGAMFVLFEMVVYKLAQLLGQSPHQITARHTNLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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