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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002443

染色体: Chr07 坐标: 22885371-22886333 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002443
名称SmilChr07G002443
描述dehydration-responsive element-binding protein 1D-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22885371 - 22886333 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993525
GeneID130993525
locus_tag-
NCBI NameLOC130993525
原始查询LOC130993525

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dehydration-responsive element-binding protein 1D-like
产物dehydration-responsive element-binding protein 1D-like
ArabidopsisAT5G51990 (CBF4)
C-repeat-binding factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835274]
identity=50.5; qcov=1.14; evalue=2.95e-65; confidence=high
RiceOs04g0572400 (OsDREB1E)
-
identity=46.7; qcov=1; evalue=1.06e-50; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774434.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774434.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774434.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774434.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057774434.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22886051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B73,C12
Chr7:22886160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A18,B104,C16,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774434.1
194 aa
N
1
97
194
AP2
C
PF00847 AP2 53-103 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774434.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 53 103 7.2e-17 62.1 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918451.1
TATTTTTATATAAAATAATTATAAAATAAATAAATTAAGAATGGTACACATAAAATAATAGGACAGAAAATGAGGGGAGGATATCGTGATTAAGTTTTGAAAATATCACAAGTTTAGTGAGCAGACGTGGATGCAGAGCTTTGCCAATTCCAAATAACAAAAATTCCCCCTTTCCCTGCTCTTACCTTGCTGCATTTAAAAGTGTTAATCGTGATAACGTGTCTTATCCACAGACCCCACACCCTAATTAACATTCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993525
ATGGATATGTTTTCCGAGCTGCAAGACTTGTGGTCACCCTCTTCATCATCATCATCCTACGCCGTCGCCACTTGTATTGACGATAGACAAGTGATTCTAGCATCCAACAGCCCTAAGAAGCGGGCCGGGCGGAAGAAGTTCCACGAGACGCGCCACCCTGTGTACCGCGGCGTGCGCTTGCGTAGTTCCGGCAAGTGGGTTTGCGAGATCAGAGAGCCCAACAAGAAATCAAGAATCTGGCTTGGCACTTTCGCCACCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774434.1
MDMFSELQDLWSPSSSSSSYAVATCIDDRQVILASNSPKKRAGRKKFHETRHPVYRGVRLRSSGKWVCEIREPNKKSRIWLGTFATVEMAARAHDVAAIALRGRSACLNFSDSTWRLPIPASSSAHDIQKAAAEAADSFRPQALTENSFFEDDEAIFGMDGLISEPQGFMLLPPTLYHNHVQLEDYIPLWNFSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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