当前解析结果
SmilChr07G002475| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002475 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002475 |
| 描述 | AT-hook motif nuclear-localized protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 23297929 - 23301959 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993553 |
|---|---|
| GeneID | 130993553 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993553 |
| 原始查询 | LOC130993553 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AT-hook motif nuclear-localized protein 1-like |
| 产物 | AT-hook motif nuclear-localized protein 1-like |
| Arabidopsis | AT4G12080 (AHL1)AT-hook motif nuclear-localized protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826816] identity=51; qcov=0.981; evalue=4.06e-83; confidence=high |
| Rice | Os08g0118000 (OsAHL1)- identity=54.9; qcov=0.787; evalue=1.66e-67; confidence=high |
| GO | GO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03479 (PCC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993553 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774467.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774467.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774467.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774467.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057774467.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:23298546 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B51,B85,B91 |
Chr7:23298701 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B81 |
Chr7:23299873 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,A5,B8,C58,C62 |
Chr7:23300949 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr7:23301081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,C41,C74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774467.1PF03479
PCC 112-233 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774467.1 |
Pfam | PF03479 |
PCC | Domain | 112 | 233 | 3.3e-35 | 121.5 | Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。