当前解析结果
SmilChr07G002476| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002476 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002476 |
| 描述 | 40S ribosomal protein S20-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 23346704 - 23349453 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993556 |
|---|---|
| GeneID | 130993556 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993556 |
| 原始查询 | LOC130993556 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 40S ribosomal protein S20-2-like |
| 产物 | 40S ribosomal protein S20-2-like |
| Arabidopsis | AT3G47370 (AT3G47370)Ribosomal protein S10p/S20e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823891] identity=91.8; qcov=1; evalue=1.13e-78; confidence=high |
| Rice | Os03g0249400- identity=82.5; qcov=0.984; evalue=7.63e-68; confidence=high |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00338 (Ribosomal_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993556 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057774468.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057774468.1 |
| 3 | Nucleolus | 核仁 | 0.20000 | XP_057774468.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774468.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774468.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:23346971 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B76,C72,D1 |
Chr7:23347004 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C68,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774468.1PF00338
Ribosomal_S10 24-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774468.1 |
Pfam | PF00338 |
Ribosomal_S10 | Domain | 24 | 118 | 3e-28 | 98.7 | Ribosomal protein S10p/S20e |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。