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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002504

染色体: Chr07 坐标: 23748448-23750988 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002504
名称SmilChr07G002504
描述uncharacterized SmilChr07G002504
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23748448 - 23750988 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993583
GeneID130993583
locus_tag-
NCBI NameLOC130993583
原始查询LOC130993583

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822266]; symbol=AT3G26580; hit=AT3G26580; species=arabidopsis; confidence=high
产物Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822266]; symbol=AT3G26580; hit=AT3G26580; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G26580 (AT3G26580)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822266]
identity=59.1; qcov=1.02; evalue=4.99e-148; confidence=high
RiceOs03g0428800
-
identity=63.2; qcov=0.569; evalue=3.49e-83; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993583

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774502.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057774502.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057774502.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774502.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774502.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23748755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr7:23748797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,D1
Chr7:23748816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:23748849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:23748887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D10
Chr7:23749055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918519.1
TTAACTTGTTGAAAGTTTTTACCATTTGGAGTAAGTCAGTCATAAATCTCCGTGTCCGAGCCGCCTCCACAAGGCATCCCACCGCGCCACGCCTCTCTTTTTTTTTACAGACAGTATTACCCCTCGATTCCCAATGCAATTCCGCGGCTGCCAACTCAAAACCGCGAGCCCTTTTCCGTCTTTCCACGCACTGCCCCTCAAATATCTCCTCCATATTTTCCCAACTGCCATCAGAAGCGCCACAGATATACACCTCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993583
ATGGCCGTCGTGCTCGGAAACGTCTCTCCATTCCTGGACCTCTCCACCTCACCGCCGCGGACCGCGCTCCCCGATCGCCGGCCCCGGCCGCTCCCCGCCGACGCCGTATTGAACCTCTTCAGGAAGGATCTCCATCAGAACCCGAATTTCCACGCCGCGTTCGAATCAGTGTTCGATCACAGAGAGAAGCACGTGAGCAAGCGGAAATCGAACCAATCCAAGGTGAATGAGGTGGAGTACGAGAATTCGAGCGACGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774502.1
MAVVLGNVSPFLDLSTSPPRTALPDRRPRPLPADAVLNLFRKDLHQNPNFHAAFESVFDHREKHVSKRKSNQSKVNEVEYENSSDDENGNGNGFEDELQDDGGFDWEKEMRKRVKEIEEMRELEKKAEELQYKVDQEYGEGNSNGEPDEETEEQKRMRVKKELEKVAKEQAERRKAAQLMFDLGQKAYGRGMYGRAIEFLEGALTIIPRPTLFGGEIQIWLAMAYEANNRHKDCIDLYQQLEKRHPSVSIRRQAAELRYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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