当前解析结果
SmilChr07G002508| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002508 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002508 |
| 描述 | ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 23785875 - 23788164 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993586 |
|---|---|
| GeneID | 130993586 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993586 |
| 原始查询 | LOC130993586 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2 |
| 产物 | ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2 |
| Arabidopsis | AT3G26600 (ARO4)armadillo repeat only 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822269] identity=58.1; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0536200- identity=38.1; qcov=1; evalue=2.77e-131; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00514 (Arm); PF25055 (DUF7792) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993586 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057774505.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774505.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774505.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774505.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774505.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:23786282 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr7:23786286 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:23786309 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,C18 |
Chr7:23786466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,C48,D10 |
Chr7:23786517 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B128,B67,C61 |
Chr7:23786700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C15 |
Chr7:23786704 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C15 |
Chr7:23787020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,C15 |
Chr7:23787098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,D11 |
Chr7:23787128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr7:23787810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774505.1PF25055
DUF7792 35-157 aa
PF00514
Arm 210-250 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774505.1 |
Pfam | PF25055 |
DUF7792 | Domain | 35 | 157 | 5.2e-48 | 162.8 | Domain of unknown function (DUF7792) |
XP_057774505.1 |
Pfam | PF00514 |
Arm | Repeat | 210 | 250 | 1.9e-24 | 85.6 | Armadillo/beta-catenin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。