Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003510`

染色体: Chr01 坐标: 53688780-53692422 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003510`
名称	SmilChr01G003510
描述	rop guanine nucleotide exchange factor 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53688780 - 53692422 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993589`
GeneID	`130993589`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993589`
原始查询	`LOC130993589`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rop guanine nucleotide exchange factor 1-like
产物	rop guanine nucleotide exchange factor 1-like
Arabidopsis	`AT4G38430` (ROPGEF1) rho guanyl-nucleotide exchange factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830000] identity=57; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0544800` (Os) - identity=54.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity)
KEGG	-
Pfam	PF03759 (PRONE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774510.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774510.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774510.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774510.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774510.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53690052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B47,C16
`Chr1:53691183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C16
`Chr1:53691973`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:53692139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774510.1

548 aa

274

548

PRONE

PF03759 PRONE 92-465 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774510.1`	Pfam	`PF03759`	PRONE	Family	92	465	2.1e-168	560.6	PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918527.1
TCGAGATTGGAGCGCGCGGAAAACACTAACGACAGCGGCGGCCACCACCATGTGACGGTGGGGCTGCCGCTCCACTCCGACAATATCTACTTTATTAGAACCGTAACTGTAGCTACCGCAGAGAGAAAAACTGCCTCCAATTACTATATTCCACCTACTGACAATTCAATACTCTCTCTCTCACTCTCTGCGGCTTTACTTCCTACAGTACCACACTTTTACTTTATTGTTTCCTCACTTTCTCTTATTCTTTTCCCCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993589
ATGGCTGACAGCGTCGCTTCTCGGTCGGATGACGAGTTCGAGGAGCTACAGTCGCGCCGTTTCGACGACTGTTACAGCCTGAGCGCCGACGTCAGCGAGTCGGAGAGTTCGACGTCGAGCGCCGCCACGTTCTCCTCCGATCACAGGCCGGAGCTGGCTTGCAATTCGGAGTGTTTGACGCCGCCGGCGATCATGCTGCCGGTTGTGGGGGGTAGACACGTCGTCTATCCAGCGGAGAAGCGGGAAACGGATAAGCCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774510.1
MADSVASRSDDEFEELQSRRFDDCYSLSADVSESESSTSSAATFSSDHRPELACNSECLTPPAIMLPVVGGRHVVYPAEKRETDKPEPPELSEAELMKERFAKLLLGEDMSGGGKGVSTALAISNAITNLAASVFGELWKLEPLAPQRKLMWQREMEWLLCVSDAIVELVPSVQEFPGGGSFEIMVTQQRSDLYVNLPALKKLDGLLISILDRFRDTEFYYVDRGIIVADGEHIKAYQSSPSSTRPSITLEEKWWLPFPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器