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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002578

染色体: Chr07 坐标: 24679564-24682214 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002578
名称SmilChr07G002578
描述equilibrative nucleotide transporter 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向24679564 - 24682214 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993647
GeneID130993647
locus_tag-
NCBI NameLOC130993647
原始查询LOC130993647

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述equilibrative nucleotide transporter 1
产物equilibrative nucleotide transporter 1
ArabidopsisAT1G70330 (ENT1)
equilibrative nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843369]
identity=60.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0205200 (OsENT1)
-
identity=61.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005337 (nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:1901642 (nucleoside transmembrane transport)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01733 (Nucleoside_tran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057774609.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057774609.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057774609.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774609.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774609.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:24680022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:24680205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:24681668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774609.1
423 aa
N
1
212
423
Nucleoside_tran
C
PF01733 Nucleoside_tran 144-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774609.1 Pfam PF01733 Nucleoside_tran Family 144 422 6.3e-72 243.3 Nucleoside transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918626.1
CTGTACAAATCAATATAATTTAACTTGGGGAAGTGGTGGATCCAAAATCTAAGAGGAATAGTGAATAGCTACGGGCCTTGGCTTTTCTGCGGGCCAATGCTACTATTAATGAATACTACTAATTAACAACTCTAATACACCCTATCAAACTGACCCTAAACAAGATATCTATCTCTACGAACTCCTCTCCTCTTATTCCACTGCATCTTCCTCCAATTTGAACATATACTCAAGTCAAAACTTCAAAAGCCCTTCATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993647
ATGGGTATAACCACCGCCGACGCCGGCGGCGCCGCAGTTGACGGGGATTCGGAATCCGCCGCCCTCCTCCTGAACCCCAACAAGAACAAGATCCCCAGGGACACATTCCACCTAGCCTACATCATATACTTTACGCTCGGCGCAGGTTATCTCCTGCCGTGGAACACATTCATCACCGCCGTCGATTACTTCAGCTTCCTCTACCCGGACGCATCCGTGGATCGCGTGTTCGCTGTGGTATACATGCTGGTGGGGCTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774609.1
MGITTADAGGAAVDGDSESAALLLNPNKNKIPRDTFHLAYIIYFTLGAGYLLPWNTFITAVDYFSFLYPDASVDRVFAVVYMLVGLMSVLIIIAFAHRSNTVVRINAGYALFLVALVVVPLMDVWYVKGRVGVYGAYYVSVGVVGLCGVADGLVQGGVVGNAGELPERYMQAVVAGTAASGVLVSVLRVLTKAIYTQDANGLRKSANLYFIFSIVVMLLNIIFYNVAHRLPVIRYYNDLKKVAANEEKEQKGELTGKLWR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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