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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002596

染色体: Chr07 坐标: 24952004-24953792 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002596
名称SmilChr07G002596
描述protein RICE SALT SENSITIVE 3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向24952004 - 24953792 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993664
GeneID130993664
locus_tag-
NCBI NameLOC130993664
原始查询LOC130993664

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RICE SALT SENSITIVE 3
产物protein RICE SALT SENSITIVE 3
ArabidopsisAT1G60060 (AT1G60060)
Serine/threonine-protein kinase WNK (With No Lysine)-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842300]
identity=71.7; qcov=1.01; evalue=1.92e-149; confidence=high
RiceOs02g0742700
-
identity=66.5; qcov=0.922; evalue=7.97e-134; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF14215 (bHLH-MYC_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774637.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774637.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774637.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774637.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774637.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:24952960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B99,C47,C67,D6
Chr7:24953377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774637.1
308 aa
N
1
154
308
bHLH-MYC_N
C
PF14215 bHLH-MYC_N 14-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774637.1 Pfam PF14215 bHLH-MYC_N Family 14 195 2.9e-31 109.9 bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918654.1
GTGTGAGAGAGAGGCGTTGGTGGTGGCCTTAGCCTTATATAAAGGGCGTAAAGAGATGTTGGGGCTTTACTTGTTTTGCAAATTGCTTCAACAAACATACAGAATAAAAAGAGTAAGAGGCACTCTATAGCTAATCCTCTCCCCACCCCCACCCCCACCCCCACCCCACCAAAAAAGAGAAAAGTTTGAATGGAAGAACAACTCAACTCTCTAGCTGTAACTCATCTTCTCCAACACACTCTCAGGAGTCTCTGCATACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993664
ATGGAAGAACAACTCAACTCTCTAGCTGTAACTCATCTTCTCCAACACACTCTCAGGAGTCTCTGCATACATGAGAATTCCCAATGGGTTTATGCTGTTTTTTGGAGGATTCTCCCAAGAAATTATCCACCTCCCAAGTGGGATGGACAAGGAGGGGTTTATGACAGGTCAAGAGGGGTGAGGAGGAACTGGATATTGGTTTGGGAAGATGGTTTTTGCAATTTTGCAGCGTCTGCAGGTGAGATGAACGGCGGCGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774637.1
MEEQLNSLAVTHLLQHTLRSLCIHENSQWVYAVFWRILPRNYPPPKWDGQGGVYDRSRGVRRNWILVWEDGFCNFAASAGEMNGGGGASSYGQYQGLQPELFFKMSHEIYNYGEGLIGKVAADHSHKWIHKEPNDQEINFLSAWHNSADSHPRTWEAQFQSGIKTIALIAVREGVIQLGAVHKVVEDLSYVVLLRKKLSYIESIPGVLLPHPSSSSSSSSSSSAAQQQEAWQHYQMMNHPNEYYHHYHFGNHHEAMRITP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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