当前解析结果
SmilChr07G002609| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002609 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002609 |
| 描述 | probable serine/threonine-protein kinase PBL28 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 25077831 - 25080783 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993672 |
|---|---|
| GeneID | 130993672 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993672 |
| 原始查询 | LOC130993672 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable serine/threonine-protein kinase PBL28 |
| 产物 | probable serine/threonine-protein kinase PBL28 |
| Arabidopsis | AT1G24030 (AT1G24030)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839015] identity=78.5; qcov=0.992; evalue=3.86e-140; confidence=high |
| Rice | Os02g0513000 (OsRLCK72)- identity=52.6; qcov=0.857; evalue=9.78e-63; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993672 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057774646.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057774647.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774646.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774646.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774646.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:25078202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:25080330 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B59,D4 |
Chr7:25080446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,B85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774646.1PF00069
Pkinase 63-338 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 66-340 aa
XP_057774647.1PF00069
Pkinase 63-240 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 66-222 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774646.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 63 | 338 | 2.4e-49 | 168.8 | Protein kinase domain |
XP_057774646.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 66 | 340 | 3.2e-46 | 158.4 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057774647.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 63 | 240 | 1.9e-37 | 129.8 | Protein kinase domain |
XP_057774647.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 66 | 222 | 1.9e-33 | 116.6 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。