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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002608

染色体: Chr07 坐标: 25077373-25083021 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002608
名称SmilChr07G002608
描述GCN5-related N-acetyltransferase 5, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25077373 - 25083021 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993673
GeneID130993673
locus_tag-
NCBI NameLOC130993673
原始查询LOC130993673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GCN5-related N-acetyltransferase 5, chloroplastic
产物GCN5-related N-acetyltransferase 5%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G24040 (AT1G24040)
Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839016]
identity=49.6; qcov=1.04; evalue=7.07e-84; confidence=high
RiceOs04g0465500
-
identity=39.6; qcov=0.924; evalue=1.18e-34; confidence=medium
GOGO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups)
KEGG-
PfamPF00583 (Acetyltransf_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774648.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057774648.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774648.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774648.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774648.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25081653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:25082611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774648.1
293 aa
N
1
146
293
Acetyltransf_1
C
PF00583 Acetyltransf_1 150-247 aa
XP_057774649.1
293 aa
N
1
146
293
Acetyltransf_1
C
PF00583 Acetyltransf_1 150-247 aa
XP_057774650.1
293 aa
N
1
146
293
Acetyltransf_1
C
PF00583 Acetyltransf_1 150-247 aa
XP_057774651.1
249 aa
N
1
124
249
Acetyltransf_1
C
PF00583 Acetyltransf_1 150-232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774648.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 150 247 3.2e-07 31.4 Acetyltransferase (GNAT) family
XP_057774649.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 150 247 3.2e-07 31.4 Acetyltransferase (GNAT) family
XP_057774650.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 150 247 3.2e-07 31.4 Acetyltransferase (GNAT) family
XP_057774651.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 150 232 2.2e-06 28.7 Acetyltransferase (GNAT) family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091742.1
GGTGAGGTGAAGTGAGGAGAATGTAGTTAGTCTTGTTTGTTTCCCTTGTGTAAAACATGAAGTAGAGCTGCAGGAAGCTGTGGTTGAATGAAATCAAGGCTCAACATCTATCCATTCACTCACAAATCACCAAATCCAAGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTCCCTTCCCTTGAGCTCTATGGCGACAGAAGCTTCTCTCTCCATCTCCCTACACTTGCAGCCGCACCACCACCGCCACCGCCACCTCTCCGCCGCACCTC...
XR_009091741.1
GGTGAGGTGAAGTGAGGAGAATGTAGTTAGTCTTGTTTGTTTCCCTTGTGTAAAACATGAAGTAGAGCTGCAGGAAGCTGTGGTTGAATGAAATCAAGGCTCAACATCTATCCATTCACTCACAAATCACCAAATCCAAGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTCCCTTCCCTTGAGCTCTATGGCGACAGAAGCTTCTCTCTCCATCTCCCTACACTTGCAGCCGCACCACCACCGCCACCGCCACCTCTCCGCCGCACCTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993673
ATGGCGACAGAAGCTTCTCTCTCCATCTCCCTACACTTGCAGCCGCACCACCACCGCCACCGCCACCTCTCCGCCGCACCTCACCGACACCCATTTCTCCAATCCCCCAAACACAAGCAATACAATCTCTCCCTCTCTCGCTCCGCCTCCAACTCTTCCACTCCCCCCTCATTACAGAACCCACTTCGAACCGGGCGCTTTCTGACCAACGACGAGCTCCAGAAGCTCGAGCTTCTCGGAAACTACAGCTACCACCAAGA...
LOC130993673
ATGGCGACAGAAGCTTCTCTCTCCATCTCCCTACACTTGCAGCCGCACCACCACCGCCACCGCCACCTCTCCGCCGCACCTCACCGACACCCATTTCTCCAATCCCCCAAACACAAGCAATACAATCTCTCCCTCTCTCGCTCCGCCTCCAACTCTTCCACTCCCCCCTCATTACAGAACCCACTTCGAACCGGGCGCTTTCTGACCAACGACGAGCTCCAGAAGCTCGAGCTTCTCGGAAACTACAGCTACCACCAAGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057774648.1
MATEASLSISLHLQPHHHRHRHLSAAPHRHPFLQSPKHKQYNLSLSRSASNSSTPPSLQNPLRTGRFLTNDELQKLELLGNYSYHQELESGLLWIRTMREEEMDLTVTLLSESFAESMMMAGSYVKLLEFLVKNYLIERREMMPHNATLLGVYRENGAEDFELAGTVELTFDGKGANANPSTPTPPKNSPYICNMAVRKPLRRRGIGWHLLRASEDLITKMSSSREVYLHCRIIDEGPFSMYKKAGYSVVQTDSILTLLT...
XP_057774649.1
MATEASLSISLHLQPHHHRHRHLSAAPHRHPFLQSPKHKQYNLSLSRSASNSSTPPSLQNPLRTGRFLTNDELQKLELLGNYSYHQELESGLLWIRTMREEEMDLTVTLLSESFAESMMMAGSYVKLLEFLVKNYLIERREMMPHNATLLGVYRENGAEDFELAGTVELTFDGKGANANPSTPTPPKNSPYICNMAVRKPLRRRGIGWHLLRASEDLITKMSSSREVYLHCRIIDEGPFSMYKKAGYSVVQTDSILTLLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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