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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003591

染色体: Chr01 坐标: 54458542-54509308 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003591
名称SmilChr01G003591
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54458542 - 54509308 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993708
GeneID130993708
locus_tag-
NCBI NameLOC130993708
原始查询LOC130993708

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070-like
ArabidopsisAT2G22070 (AT2G22070)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816742]
identity=61.7; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0775400
-
identity=56; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13176 (TPR_7); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993708

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774723.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057774723.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774723.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774723.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774723.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54458635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:54463189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:54463214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:54463289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C10
Chr1:54463367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A20,B80,C39
Chr1:54463373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A20,B80,C39
Chr1:54463375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A20,B80,C39
Chr1:54463385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:54464089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B2,C61,D5
Chr1:54464093 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 10 A20,B122,B131,B132,B15,B17,B56,C23,C34,C73
Chr1:54464158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,D3
Chr1:54464241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774723.1
827 aa
N
1
414
827
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
TPR_7
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 94-120 aa PF12854 PPR_1 120-146 aa PF13812 PPR_3 120-147 aa PF01535 PPR 122-147 aa PF13041 PPR_2 150-198 aa PF01535 PPR 153-181 aa PF01535 PPR 226-252 aa PF01535 PPR 255-283 aa PF13041 PPR_2 282-331 aa PF01535 PPR 285-313 aa PF01535 PPR 390-418 aa PF13041 PPR_2 417-462 aa PF13812 PPR_3 417-463 aa PF01535 PPR 420-450 aa PF01535 PPR 493-518 aa PF13041 PPR_2 520-566 aa PF13812 PPR_3 520-567 aa PF01535 PPR 522-551 aa PF01535 PPR 557-583 aa PF01535 PPR 597-618 aa PF20431 E_motif 637-699 aa PF13176 TPR_7 660-682 aa PF01535 PPR 660-689 aa PF14432 DYW_deaminase 735-827 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 120 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 120 146 2.5e-50 168.6 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 120 147 3.3e-39 133.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 147 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 150 198 2e-88 291.0 PPR repeat family
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 153 181 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 226 252 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 283 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 282 331 2e-88 291.0 PPR repeat family
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 285 313 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 390 418 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 417 462 2e-88 291.0 PPR repeat family
XP_057774723.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 417 463 3.3e-39 133.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 420 450 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 493 518 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 520 566 2e-88 291.0 PPR repeat family
XP_057774723.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 520 567 3.3e-39 133.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 522 551 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 557 583 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 597 618 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 637 699 3.9e-18 66.2 E motif
XP_057774723.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 660 682 1.1e-07 32.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057774723.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 660 689 4.4e-82 265.5 PPR repeat
XP_057774723.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 735 827 9.3e-44 147.9 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091753.1
ATGGTTCTTTCATTCAAATACTGTTCTTGGCTTCTCCCTCGACACAGGGATCATCTGCAAACAACACGATTCCTTGAACGAGGGCGATATCGTGCCATTTCTGCAGCTCGAGAGATGGATCATTCAACTGTGGAATGCTTTATGGTAAACGGCATGTCGCAGTGGGAAGAATATGCTTCAATTCTGCAAACAAGCATAAAAAACAGACGCCCTTCGGCAGTAAAATCAATCCACGCCAGCATAATCAAATCCGGGCTCAA...
XR_009091750.1
ATGGTTCTTTCATTCAAATACTGTTCTTGGCTTCTCCCTCGACACAGGGATCATCTGCAAACAACACGATTCCTTGAACGAGGGCGATATCGTGCCATTTCTGCAGCTCGAGAGATGGATCATTCAACTGTGGAATGCTTTATGGTAAACGGCATGTCGCAGTGGGAAGAATATGCTTCAATTCTGCAAACAAGCATAAAAAACAGACGCCCTTCGGCAGTAAAATCAATCCACGCCAGCATAATCAAATCCGGGCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993708
ATGGTTCTTTCATTCAAATACTGTTCTTGGCTTCTCCCTCGACACAGGGATCATCTGCAAACAACACGATTCCTTGAACGAGGGCGATATCGTGCCATTTCTGCAGCTCGAGAGATGGATCATTCAACTGTGGAATGCTTTATGGTAAACGGCATGTCGCAGTGGGAAGAATATGCTTCAATTCTGCAAACAAGCATAAAAAACAGACGCCCTTCGGCAGTAAAATCAATCCACGCCAGCATAATCAAATCCGGGCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774723.1
MVLSFKYCSWLLPRHRDHLQTTRFLERGRYRAISAAREMDHSTVECFMVNGMSQWEEYASILQTSIKNRRPSAVKSIHASIIKSGLNFGVILTNHVLNAYAKTGSLVDARNMFDEMPVKNVSTYNTLLSAYAKQGRTRDALRVFDELPQPDSVSWTALIVGYNQKGRFGAALAMFIEMIKCRTLPTQYTFTNILASCAAVEALDVGRKVHSFVVKLGFSGAVSVANSLLNMYAKSGDAVTAMAVFNRIELRNVSSWNAVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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