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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000920

染色体: Chr01 坐标: 19430555-19432278 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000920
名称SmilChr01G000920
描述calmodulin binding protein PICBP-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向19430555 - 19432278 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993713
GeneID130993713
locus_tag-
NCBI NameLOC130993713
原始查询LOC130993713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calmodulin binding protein PICBP-like
产物calmodulin binding protein PICBP-like
ArabidopsisAT3G54570 (AT3G54570)
Plant calmodulin-binding protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824622]
identity=32.2; qcov=0.968; evalue=1.07e-45; confidence=low
RiceOs05g0381700
-
identity=55.8; qcov=0.237; evalue=6.08e-31; confidence=weak
GOGO:0005516 (calmodulin binding)
KEGG-
PfamPF07839 (CaM_binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993713

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057774761.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057774761.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774761.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057774761.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:19431211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:19431217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B21
Chr1:19431260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:19431271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:19431535 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120
Chr1:19431535 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B120
Chr1:19431626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:19431679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B29
Chr1:19431699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:19431725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:19431753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:19431770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774761.1
439 aa
N
1
220
439
CaM_binding
C
PF07839 CaM_binding 336-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774761.1 Pfam PF07839 CaM_binding Domain 336 411 1.7e-26 94.0 Plant calmodulin-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918778.1
ATGGTGCAGAGAAAGCTGAGCCTCCAAGTCCACCATGCTCAAACCCAAAGCTTCCTGCACCACCACGACGCCGCCAAGAGCCCCCGCGGCGCCGACCTCAAGGCCAAGAAGATGAAGAAGTCGGGGCCCATCAAGCGCCCCAAACCAACGCCTGCAACTCCGCCGCCACTGCTCTGCAAAACGACGCCCAACTACATGAAGTCCACCACGAGCTCCGACGCGAGAAAGGAGCAATCATCACAGTCGAAGTCGAGCTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993713
ATGGTGCAGAGAAAGCTGAGCCTCCAAGTCCACCATGCTCAAACCCAAAGCTTCCTGCACCACCACGACGCCGCCAAGAGCCCCCGCGGCGCCGACCTCAAGGCCAAGAAGATGAAGAAGTCGGGGCCCATCAAGCGCCCCAAACCAACGCCTGCAACTCCGCCGCCACTGCTCTGCAAAACGACGCCCAACTACATGAAGTCCACCACGAGCTCCGACGCGAGAAAGGAGCAATCATCACAGTCGAAGTCGAGCTCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774761.1
MVQRKLSLQVHHAQTQSFLHHHDAAKSPRGADLKAKKMKKSGPIKRPKPTPATPPPLLCKTTPNYMKSTTSSDARKEQSSQSKSSSPSPKRADEEAADAKRATCSSTLKDSKFPAFLSLNPSGHSAVKVCPYTYCSLNGHHHPPLRSFLSAARRARAPPTPDDDDQDFFVEIYMPQDPEERVSEDFSQDSFDGSDMDWETLLQYDYEANAAQLKDDASDGCCDEVVMMDEAAQESIDEDGGFNSDSDDAESTQDDHQISS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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