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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002663

染色体: Chr07 坐标: 25843930-25846169 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002663
名称SmilChr07G002663
描述glycosyltransferase family 92 protein RCOM_0530710-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25843930 - 25846169 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993729
GeneID130993729
locus_tag-
NCBI NameLOC130993729
原始查询LOC130993729

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase family 92 protein RCOM_0530710-like
产物glycosyltransferase family 92 protein RCOM_0530710-like
ArabidopsisAT1G27200 (AT1G27200)
glycosyltransferase family protein (DUF23) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839609]
identity=52.4; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0121900
-
identity=43.1; qcov=0.979; evalue=9.41e-145; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01697 (Glyco_transf_92)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993729

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057774752.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057774752.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774752.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774752.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25844364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C8
Chr7:25844613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B25
Chr7:25844664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B86,C17
Chr7:25844710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr7:25844716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C14
Chr7:25844734 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 95 A13,A15,A16,A2,A3,A4,A5,A6,A9,B1,B100,B103,B104,B11,B111,B113,B119,B124,B134,B136,B138,B139,B140,B18,B24,B25,B26,B27,B28,B31,B34,B4,B41,B45,B46,B48,B51,B54,B59,B6,B60,B61,B68,B7,B70,B72,B73,B74,B77,B84,B85,B89,B9,B90,B92,B93,B98,C1,C14,C15,C16,C19,C21,C28,C29,C30,C33,C39,C40,C42,C44,C46,C52,C58,C60,C62,C63,C67,C7,C70,C72,C74,C78,C79,C80,C81,C82,C83,C84,C87,D11,D4,D5,D7,D8
Chr7:25844751 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B103
Chr7:25844751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:25844767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:25844887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C82
Chr7:25845000 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B126
Chr7:25845000 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B126

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774752.1
574 aa
N
1
287
574
Glyco_transf_92
C
PF01697 Glyco_transf_92 282-518 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774752.1 Pfam PF01697 Glyco_transf_92 Domain 282 518 2.4e-34 119.8 Glycosyltransferase family 92

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918769.1
ATATTAGATGGATAGTTGAATTAGCACACAATACGTTTAAGACCAAACTCCAAGTAAGGAACATCAATGCAGCTGCAAAATACACCATTTATTACCGCCCTTCACTCCTCATCCCCATTTGCCCATTCTTTTCAAGGAAAGAAAAGTCCCATAAAGTAGAGAGAGAGAGAGAGTTCTATCTCCGACATTTACCAGATAACAGAACAGCAGCAACACACGCTAAAGTAAAAAAAAAAAAACGCACAACACAAGCACTGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993729
ATGAGCTCTTCAGATAAACGCCGCAAGAGAAAACGTATTCTGAGACAATCACTCTCACTCTCGTGTGTAAGATCTGTCCTCCTCTGCTTCAGCTTCCTCACACTGCTCTACCTCTTATCCTACGCTCTCCCCTTCACTTGTTCCGCTTTCCGCCCCGTTTTAGTCGTTTCTACCTTATCCTTGTTGTCTTCTTCCGCTACCACAACCGCCCACCTCTTGGACATTCAGGATAGGGTTTTGTTCCCCGATCATGTCCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774752.1
MSSSDKRRKRKRILRQSLSLSCVRSVLLCFSFLTLLYLLSYALPFTCSAFRPVLVVSTLSLLSSSATTTAHLLDIQDRVLFPDHVLLLLTRANKDGARELECLYFSESDLIRGRNHSGVKKVLSIDEYDEFRMIVRCPLPFGNYSGEVNLRWHGENGISEQVKDSWSLNNWDNLAYAAAIDDTSVVVFVKGLNLRADRKSDPSQFSCHFALGKWKRTKALTAAQEVIRCALPRSLQVRGSNAHRVVEGIRVTIGMQQQLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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