Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002673

染色体: Chr07 坐标: 26037301-26041504 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002673
名称SmilChr07G002673
描述uncharacterized SmilChr07G002673
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26037301 - 26041504 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993739
GeneID130993739
locus_tag-
NCBI NameLOC130993739
原始查询LOC130993739

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CLAVATA3/ESR-RELATED 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843334]; symbol=CLE26; hit=AT1G69970; species=arabidopsis; confidence=low
产物CLAVATA3/ESR-RELATED 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843334]; symbol=CLE26; hit=AT1G69970; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G69970 (CLE26)
CLAVATA3/ESR-RELATED 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843334]
identity=30.6; qcov=1; evalue=1.28e-10; confidence=low
RiceOs03g0803200
-
identity=85.2; qcov=0.243; evalue=1.13e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF27922 (CLE_plant)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993739

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057774762.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774762.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774762.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774762.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774762.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774762.1
111 aa
N
1
56
111
CLE_plant
C
PF27922 CLE_plant 41-98 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774762.1 Pfam PF27922 CLE_plant Family 41 98 5.5e-06 28.5 CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918779.1
ATTTATATCTAATAACCTTTGCCGACAATGCTAAAATATATTAAACTATAAAAATATAGTTTATATAATTAATAACTTGATCACACCTAGAATGGCATTAAGGGTGAAATTTACAAAAGATGATTAGAATCCATCTGATTTTCGAGAAAATCTCATTCTCTCTCTAGAATCAATAAAGCAAACAGAATCACTCCAACCTATAAAGAAAGCAAACCACCCTAGCCATGCACTTCAAAACCCAAAGAAAAACACCTTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993739
ATGAGCAGCAGCAGCAGCATCGAGTTCTTGAAAGGCTGTCTTCGATTAGTTGTATTGCTGGGATTTCTTCGATTTTTGATGGTTGAGGCTCATCATCATCATCATCATCACCAAAAACCAAGAATTAGGGGTGCTGGAATAATAGTTATGAAAAAAGAAGCTTCTGGAAACATGAAGAATGATTTTGTTGTAGCTGTGAATATGGTGAAGAGGAAGCATAGGCTTCTTTCAAAGTTGGAGCTTAACTATATGAGCAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774762.1
MSSSSSIEFLKGCLRLVVLLGFLRFLMVEAHHHHHHHQKPRIRGAGIIVMKKEASGNMKNDFVVAVNMVKRKHRLLSKLELNYMSKRRVPNGPDPIHNRGAGKSHRPPGHA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器