Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000738

染色体: Chr07 坐标: 5138830-5139393 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000738
名称SmilChr07G000738
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5138830 - 5139393 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993744
GeneID130993744
locus_tag-
NCBI NameLOC130993744
原始查询LOC130993744

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=high
产物orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=high
ArabidopsisATMG00810
-
identity=50; qcov=0.706; evalue=1.08e-38; confidence=medium
Ricegene-orf490 (orf490)
-
identity=54.7; qcov=0.861; evalue=1.62e-53; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993744

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774764.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774764.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774764.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774764.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774764.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5138830 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 17 A24,A5,A7,B105,B112,B126,B22,B23,B46,C14,C32,C58,C60,C68,C73,C87,D2
Chr7:5138844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr7:5138866 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B23
Chr7:5138866 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B23
Chr7:5138871 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B23
Chr7:5138871 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B23
Chr7:5138880 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B120,B90,B92,C12,C27,C56,C58
Chr7:5138902 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B120,B15,B27,B45,C27,C56
Chr7:5138912 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 152 A11,A13,A15,A18,A19,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A6,A8,B1,B100,B101,B103,B105,B107,B108,B109,B11,B111,B113,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B128,B13,B130,B134,B135,B136,B138,B140,B15,B19,B2,B20,B25,B28,B3,B31,B33,B34,B39,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B59,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B71,B75,B77,B79,B8,B80,B82,B83,B86,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C17,C19,C2,C20,C22,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C34,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C47,C49,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C64,C65,C66,C69,C70,C71,C74,C75,C77,C78,C79,C80,C84,C85,C86,C9,D10,D3,D5,D6,D7,D9
Chr7:5138926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B26,B27,C27,C56
Chr7:5138933 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B120,B26,B27,C27,C56
Chr7:5138933 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 5 B120,B26,B27,C27,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918781.1
ATGGTTACTTCTCCAAAACTCACCAAAACTGAGGGACTTCCTTTCTCAGACCCTACACTATACCGTAGCACCATTGGGGCACTTCAATATCTAACACTTACTCGCCCAGATATAGCCTTCTCTGTAAATAAACTAACTCAGTTTCTAGCTTATCCTACTGATCTTCACTGGTTAACCTGCAAACGCGTGCTTAGATATCTCAAGGGCACTTCCACTCTTGCTCTCCAGTTCACACCATCTTCCCATCTTCGTTTGGTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993744
ATGGTTACTTCTCCAAAACTCACCAAAACTGAGGGACTTCCTTTCTCAGACCCTACACTATACCGTAGCACCATTGGGGCACTTCAATATCTAACACTTACTCGCCCAGATATAGCCTTCTCTGTAAATAAACTAACTCAGTTTCTAGCTTATCCTACTGATCTTCACTGGTTAACCTGCAAACGCGTGCTTAGATATCTCAAGGGCACTTCCACTCTTGCTCTCCAGTTCACACCATCTTCCCATCTTCGTTTGGTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774764.1
MVTSPKLTKTEGLPFSDPTLYRSTIGALQYLTLTRPDIAFSVNKLTQFLAYPTDLHWLTCKRVLRYLKGTSTLALQFTPSSHLRLVGFSDTDYASCPDDRRSTGGHCVFFGDNLLLWSSKKQPVVSRSSAESEYHSLANITTELIWIQSFCKEIGLTIPTILIKYGVITQVQLPCLQIRSFTLAPNT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器