Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000868`

染色体: Chr07 坐标: 6219238-6220785 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000868`
名称	SmilChr07G000868
描述	probable disease resistance protein At4g27220
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	6219238 - 6220785 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993755`
GeneID	`130993755`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993755`
原始查询	`LOC130993755`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable disease resistance protein At4g27220
产物	probable disease resistance protein At4g27220
Arabidopsis	`AT4G27220` (AT4G27220) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828830] identity=25.7; qcov=0.876; evalue=3.66e-15; confidence=low
Rice	`Os01g0799100` - identity=24; qcov=0.932; evalue=1.82e-13; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF13855 (LRR_8); PF23247 (LRR_RPS2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057774774.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057774774.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057774774.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774774.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774774.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:6219391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr7:6219410`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B110,B122,C3,C47
`Chr7:6219410`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B110,B122,C3,C47
`Chr7:6219522`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C14,C73
`Chr7:6219522`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C14,C73
`Chr7:6219778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr7:6219858`	`G`	`GTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	80	A10,A13,A15,A18,A2,A24,A4,A5,A6,A8,A9,B10,B104,B106,B108,B110,B111,B112,B117,B12,B120,B122,B123,B126,B127,B130,B131,B133,B138,B139,B16,B19,B31,B34,B36,B38,B39,B40,B44,B49,B5,B51,B53,B55,B60,B61,B65,B7,B79,B8,B93,B94,B95,C12,C14,C17,C26,C29,C3,C31,C37,C38,C43,C45,C47,C50,C51,C54,C55,C6,C60,C63,C65,C78,C79,D2,D5,D6,D8,D9
`Chr7:6219868`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B77,C63
`Chr7:6219868`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B77,C63
`Chr7:6220156`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A25,B71,B88,C62
`Chr7:6220156`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A25,B71,B88,C62
`Chr7:6220336`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774774.1

515 aa

258

515

LRR_8

LRR_RPS2

PF13855 LRR_8 79-133 aa PF23247 LRR_RPS2 405-485 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774774.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	79	133	5.3e-10	39.6	Leucine rich repeat
`XP_057774774.1`	Pfam	`PF23247`	LRR_RPS2	Repeat	405	485	1.1e-15	58.7	Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918791.1
ATGCAATCAAATGCGGAAAGAAGCAAGAATAGTGCAGTCTCTAATCCTATTCAATGTTTCAAAGAAGATCCAATTTATTCAGTTTATGTAGAGGATGAGCATCTATGGCTAAATATGCATAACCTGTTCATAGTGATCGGAGATTATCCATCAGCATCACCACTGAATGCTATCCTGAATCTGGTGGAGCAGGACTTGTGCAAGCTACACGCGAACTACCCTAATTCACTGGCCTTATTCCTACAGAGAAACACACGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993755
ATGCAATCAAATGCGGAAAGAAGCAAGAATAGTGCAGTCTCTAATCCTATTCAATGTTTCAAAGAAGATCCAATTTATTCAGTTTATGTAGAGGATGAGCATCTATGGCTAAATATGCATAACCTGTTCATAGTGATCGGAGATTATCCATCAGCATCACCACTGAATGCTATCCTGAATCTGGTGGAGCAGGACTTGTGCAAGCTACACGCGAACTACCCTAATTCACTGGCCTTATTCCTACAGAGAAACACACGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774774.1
MQSNAERSKNSAVSNPIQCFKEDPIYSVYVEDEHLWLNMHNLFIVIGDYPSASPLNAILNLVEQDLCKLHANYPNSLALFLQRNTRLTSIHPNFFDTMPDLCFLDLSDSELKTLPYSLFNLPKLAVLLLRNCRNLETLSPEIRHLKTLEVLDLSGTCLRGLPNEICLLQRMKIMKLTFYSPLESEHKLYFPSQYATPSFVANMRGMQSLSIWVKLGDRRWSGEGVECIINDITKLEGLTFLELKFPQVEAFANFIVSSPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器