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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000883

染色体: Chr07 坐标: 6319957-6320466 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000883
名称SmilChr07G000883
描述uncharacterized SmilChr07G000883
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6319957 - 6320466 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993758
GeneID130993758
locus_tag-
NCBI NameLOC130993758
原始查询LOC130993758

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837212]; symbol=AT1G07020; hit=AT1G07020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837212]; symbol=AT1G07020; hit=AT1G07020; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G07020 (AT1G07020)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837212]
identity=46.5; qcov=0.941; evalue=1.44e-27; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF06910 (MEA1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993758

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774778.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774778.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057774778.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774778.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6320000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B99,C35,C42
Chr7:6320022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr7:6320049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:6320074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:6320147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B29,B61,B91,C31
Chr7:6320177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B13
Chr7:6320194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr7:6320217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B78
Chr7:6320295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B80
Chr7:6320307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr7:6320313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B13
Chr7:6320320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,C23,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774778.1
169 aa
N
1
84
169
MEA1
C
PF06910 MEA1 27-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774778.1 Pfam PF06910 MEA1 Family 27 154 1.1e-07 33.2 Male enhanced antigen 1 (MEA1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918795.1
ATGAATGCATCAGCTACCTTGCAGGAGGATAACGGCATCTGTGGAAGCGATTCGGACTCCAATCCCGACGACTCAACCGACTACTACCAGCCGATTTCCTCCGTCGACCACAACGGCGGCGAAGACTCAGACGACGGCGGCGGAGGAGATTTCTCCGATCAAGATCCCAACTCTACTTTCCATCAACAACCGAATGGCTGGGTGGAGAACGGAGTATCATCGCTTGATATAATAAGCGATGAGGACGCCGATGAAGATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993758
ATGAATGCATCAGCTACCTTGCAGGAGGATAACGGCATCTGTGGAAGCGATTCGGACTCCAATCCCGACGACTCAACCGACTACTACCAGCCGATTTCCTCCGTCGACCACAACGGCGGCGAAGACTCAGACGACGGCGGCGGAGGAGATTTCTCCGATCAAGATCCCAACTCTACTTTCCATCAACAACCGAATGGCTGGGTGGAGAACGGAGTATCATCGCTTGATATAATAAGCGATGAGGACGCCGATGAAGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774778.1
MNASATLQEDNGICGSDSDSNPDDSTDYYQPISSVDHNGGEDSDDGGGGDFSDQDPNSTFHQQPNGWVENGVSSLDIISDEDADEDVEKEVEEATESERAIERAFREDEARRNAPLTAENSGRVMDAMRRISFGGGAPDWTGQIPEDQWIDRLRRLRPPSSATSAPFDH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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