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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000930

染色体: Chr07 坐标: 6631624-6633321 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000930
名称SmilChr07G000930
描述uncharacterized SmilChr07G000930
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6631624 - 6633321 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993759
GeneID130993759
locus_tag-
NCBI NameLOC130993759
原始查询LOC130993759

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745571]; symbol=AT2G30505; hit=AT2G30505; species=arabidopsis; confidence=low
产物Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745571]; symbol=AT2G30505; hit=AT2G30505; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G30505 (AT2G30505)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745571]
identity=27.3; qcov=0.815; evalue=2.54e-19; confidence=low
RiceOs01g0574800
-
identity=25.4; qcov=0.597; evalue=1.22e-06; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993759

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774779.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774779.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774779.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774779.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774779.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6632633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:6632643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B98,C48,C80
Chr7:6632683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:6632791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B69,C58
Chr7:6632850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B138,B50,C44,D3
Chr7:6632877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C16
Chr7:6632904 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B135,B61
Chr7:6632904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B61
Chr7:6632941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B50,C10
Chr7:6632961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B138,D3
Chr7:6632994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B58,C52,C69,C75
Chr7:6633033 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A7,B124,B134,B28,B30,B76,C25,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918796.1
ATGGAGGCCTCAACTTCCAAACCGGTAAAGCAGAAGAGCTTCAGCCGCCGCGTCTCCTTTAACGAGGACACAATCTTGCCGCCAAAGGAACGCCGCCGCGAATACTGCGCCAGCGACATAGAAGCGCGGATCTCCGTCAATAGCCGCCGCTGCCGCATCTGCGGCCGGATGTGCAGCTCCTGCTGCTTCTGGATCTCCATCGCCCTCAGCCTCCTCATCTTCCTCCTCCTCATCTGCGGCGCTCTGTATTACGGTTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993759
ATGGAGGCCTCAACTTCCAAACCGGTAAAGCAGAAGAGCTTCAGCCGCCGCGTCTCCTTTAACGAGGACACAATCTTGCCGCCAAAGGAACGCCGCCGCGAATACTGCGCCAGCGACATAGAAGCGCGGATCTCCGTCAATAGCCGCCGCTGCCGCATCTGCGGCCGGATGTGCAGCTCCTGCTGCTTCTGGATCTCCATCGCCCTCAGCCTCCTCATCTTCCTCCTCCTCATCTGCGGCGCTCTGTATTACGGTTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774779.1
MEASTSKPVKQKSFSRRVSFNEDTILPPKERRREYCASDIEARISVNSRRCRICGRMCSSCCFWISIALSLLIFLLLICGALYYGFFKSHMPKIRLQRLDVASADSTENLAVLLNATHGGEKTELIYSRMIASVAASGVRFGVVRLADVRQPPRNSTVMEVAAGMKDEAMGDRAARDLRSKAEAHALVVDVNVRGRIDVILRGRKMHGFPFKIECRNINQSEIDAGRAPPCSIQLSLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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