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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001107

染色体: Chr07 坐标: 8174442-8176707 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001107
名称SmilChr07G001107
描述phosphatidylcholine:diacylglycerol cholinephosphotransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8174442 - 8176707 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993777
GeneID130993777
locus_tag-
NCBI NameLOC130993777
原始查询LOC130993777

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylcholine:diacylglycerol cholinephosphotransferase 1-like
产物phosphatidylcholine:diacylglycerol cholinephosphotransferase 1-like
ArabidopsisAT3G15820 (ROD1)
phosphatidic acid phosphatase-related / PAP2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820825]
identity=72.3; qcov=0.759; evalue=2.07e-113; confidence=high
RiceOs06g0607100
-
identity=67.8; qcov=0.738; evalue=2.27e-86; confidence=high
GOGO:0004142 (diacylglycerol cholinephosphotransferase activity)
KEGG-
PfamPF24788 (AtPDCT1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057774798.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057774798.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774798.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774798.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774798.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8174498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:8174579 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 100 A1,A11,A19,A22,A25,A5,A7,A9,B10,B105,B107,B110,B112,B118,B119,B121,B125,B127,B128,B13,B135,B136,B139,B140,B15,B19,B21,B24,B27,B3,B32,B34,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B49,B54,B59,B60,B61,B62,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B80,B89,B9,B90,B92,B94,C1,C10,C13,C14,C15,C17,C19,C21,C22,C25,C26,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C44,C59,C6,C60,C62,C64,C70,C71,C72,C74,C78,C79,C80,C81,C83,D10,D4,D5,D6
Chr7:8174581 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 101 A1,A11,A19,A22,A25,A5,A7,A9,B10,B105,B107,B110,B112,B118,B121,B125,B127,B128,B13,B135,B136,B139,B140,B15,B19,B21,B24,B27,B3,B32,B34,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B49,B54,B59,B60,B61,B62,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B80,B89,B9,B90,B92,B94,C1,C10,C13,C14,C15,C17,C21,C22,C25,C26,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C44,C57,C59,C6,C60,C62,C64,C70,C71,C72,C73,C74,C78,C79,C80,C81,C83,D10,D4,D5,D6,D8
Chr7:8174652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:8174738 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 106 A1,A11,A14,A22,A25,A5,A6,A7,A9,B105,B107,B110,B112,B119,B121,B125,B127,B13,B135,B136,B139,B140,B15,B19,B2,B21,B24,B27,B3,B32,B34,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B46,B49,B54,B59,B60,B61,B62,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B78,B79,B80,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B99,C1,C10,C13,C14,C15,C17,C19,C21,C22,C25,C26,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C44,C51,C52,C56,C59,C6,C60,C62,C64,C66,C70,C71,C72,C73,C74,C78,C79,C80,C83,D10,D11,D4,D5,D8
Chr7:8174741 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 109 A1,A11,A13,A14,A19,A22,A25,A5,A6,A7,A9,B10,B105,B107,B110,B112,B119,B121,B125,B127,B13,B135,B136,B139,B140,B15,B19,B2,B21,B24,B27,B3,B32,B34,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B46,B54,B59,B60,B61,B62,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B78,B79,B80,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B99,C1,C10,C13,C14,C15,C17,C19,C21,C22,C25,C26,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C44,C51,C52,C56,C59,C6,C60,C62,C64,C66,C70,C71,C72,C73,C74,C78,C79,C80,C83,D10,D11,D4,D5,D8
Chr7:8174803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:8175565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:8176160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:8176221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:8176227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr7:8176323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774798.1
286 aa
N
1
143
286
AtPDCT1_2
C
PF24788 AtPDCT1_2 101-260 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774798.1 Pfam PF24788 AtPDCT1_2 Domain 101 260 3.9e-90 300.5 AtPDCT1/2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918815.1
ACGGAACCACCACCACCACCCGCGTGCGCTCGCCTCCCACAACTAAATCTAAACCACGCTCTCCCACCAACGGCCACTTCTCGCTCTCCCCGGATTCCGACATGCTCAAGAAGAAGCCGGCGGCAGCCGCATTCCCCGCCTAGAAAACTCGTCGCCGACGCCCATTTCCTGAAATGGACGGCGGCGGATGCATTGGGCGTGCTGCGCGACCACCCCATGCCCTGCGCCTTCGCCGTCTCCCTCTTGTTCTTCATGGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993777
ACGGAACCACCACCACCACCCGCGTGCGCTCGCCTCCCACAACTAAATCTAAACCACGCTCTCCCACCAACGGCCACTTCTCGCTCTCCCCGGATTCCGACATGCTCAAGAAGAAGCCGGCGGCAGCCGCATTCCCCGCCTAGAAAACTCGTCGCCGACGCCCATTTCCTGAAATGGACGGCGGCGGATGCATTGGGCGTGCTGCGCGACCACCCCATGCCCTGCGCCTTCGCCGTCTCCCTCTTGTTCTTCATGGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774798.1
TEPPPPPACARLPQLNLNHALPPTATSRSPRIPTCSRRSRRQPHSPPRKLVADAHFLKWTAADALGVLRDHPMPCAFAVSLLFFMAVEYTLRMIPPMAPPFDLGFAATATLHRLLAARPALNTLLAGLNTVFVGMQTAYIIWTWVIEGRPRATISALFMFTCRGILGYATQLPLPQGFLGSGADFPVGNVSFFLFYSGHVAASVIASLDMKRMQRWELAYAFDTLNVLQVIRLLTTRGHYTIDLAVGVGAGMLFDSLAGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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