Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003614

染色体: Chr01 坐标: 54681780-54685540 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003614
名称SmilChr01G003614
描述sulfate transporter 1.3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54681780 - 54685540 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993779
GeneID130993779
locus_tag-
NCBI NameLOC130993779
原始查询LOC130993779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sulfate transporter 1.3-like
产物sulfate transporter 1.3-like
ArabidopsisAT1G22150 (SULTR1;3)
sulfate transporter 1;3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838820]
identity=76.4; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0195800 (OsSultr1)
-
identity=71.4; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008271 (secondary active sulfate transmembrane transporter activity); GO:0008272 (GO:0008272); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00916 (Sulfate_transp); PF01740 (STAS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774803.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774803.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774803.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774803.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54683024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:54683036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B65,C20,C62
Chr1:54683490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B62,B73,B79,C53
Chr1:54684480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:54685232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B78,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774803.1
656 aa
N
1
328
656
Sulfate_transp
STAS
C
PF00916 Sulfate_transp 93-474 aa PF01740 STAS 526-644 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774803.1 Pfam PF00916 Sulfate_transp Family 93 474 1.5e-138 462.4 Sulfate permease family
XP_057774803.1 Pfam PF01740 STAS Domain 526 644 1.5e-29 102.6 STAS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918820.1
GTAAACTTAACAATTTATGTATCACGCACTGAGTGACATGAATGATATCATTGCCTACACAAACTATCACAAATTAGGCCTCTGTGTGTAGAATCAAAAGCAGAAATTACTATATATAGTTTCCATGATCTGTCAGTATCTGACAAGAAAAACATCTAGGTTCATTAACCAGTTAGAAAACTTTGACCTGCAATTTTCTGTCAATCACAAAAGCAGTAGAAACCTAAAAGAATATGAACACTCCTTTCAAAGATTGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993779
ATGATCATGGAAGAAAAGTACTCATTTAACTTTGAAACACATGTTAGAATGGATGGCCATAGCGAGGAGTCTATGATGAGAAGCATGCCATACAGAGTTGGTGTTCCACCAAAGCAGAAGTTCTGGAGCGAATTCTGTAGCACGTTGAAGGAGACTTTCTTCTCCGATGATCCTCTCCACCCCTTCAAGGACCAGTCGAGGTCTAGGAAGTTCGTTCTTGGAATGCAGGCCGTCTTCCCCATTCTTGAATGGGGCAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774803.1
MIMEEKYSFNFETHVRMDGHSEESMMRSMPYRVGVPPKQKFWSEFCSTLKETFFSDDPLHPFKDQSRSRKFVLGMQAVFPILEWGKRYNLANFKGDLIAGLTIASLCIPQDIGYSKLANLSPQYGLYSSFVPPLVYALMGSSRDIAIGPVAVVSLLLGTLLQNEIDPIKHPLEYRRLAFTATFFAGITQATLGILRLGFLIDFLSHAAVVGFMGGAAITIALQQLKGFLGIKNFTKKADLISVMQSVFSSAHHGWNWPTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器