Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003613`

染色体: Chr01 坐标: 54665688-54673935 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003613`
名称	SmilChr01G003613
描述	low affinity sulfate transporter 3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54665688 - 54673935 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993787`
GeneID	`130993787`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993787`
原始查询	`LOC130993787`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	low affinity sulfate transporter 3-like
产物	low affinity sulfate transporter 3-like
Arabidopsis	`AT5G10180` (SULTR2;1) slufate transporter 2;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830882] identity=62.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0195300` (OsSultr2) - identity=59.9; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008271 (secondary active sulfate transmembrane transporter activity); GO:0008272 (GO:0008272); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00916 (Sulfate_transp); PF01740 (STAS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057774810.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774810.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774810.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774810.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774810.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54666626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr1:54670244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774810.1

653 aa

326

653

Sulfate_transp

STAS

PF00916 Sulfate_transp 87-468 aa PF01740 STAS 520-638 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774810.1`	Pfam	`PF00916`	Sulfate_transp	Family	87	468	5.8e-137	457.2	Sulfate permease family
`XP_057774810.1`	Pfam	`PF01740`	STAS	Domain	520	638	4.8e-23	81.7	STAS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918827.1
TTGATAGAATACAAATTTGATTGGCTTTTGTTGGTTACATGCCGTGTAACGATCAACCTCAATCAAATAAGGCTAGTATTTAAAGGGATGTGCCACCATCTAATCTAGCAACTAACTCCAAGTAAGTTCACCCAAACACTTCAAAACCCGCCATGGGCAACTCCTCTGCTGACCACTCCGCCGTCGTGCAGCTAGACGCTGACGCCGCTGCGGCCGGCAGAGCTGAGAGGTCCAAGTGGCTGCTGGCCTCCGCCGGCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993787
ATGGGCAACTCCTCTGCTGACCACTCCGCCGTCGTGCAGCTAGACGCTGACGCCGCTGCGGCCGGCAGAGCTGAGAGGTCCAAGTGGCTGCTGGCCTCCGCCGGCCCTCCGCCGCCTTGGCAGCAACTCCTCAGCTCCGTAAAGGAGACCCTTCTACCTCACCCCAAAACGAAGCAACATCGCCCAAATCAGTTACTTCTCTTCTTGCAATCCCTCTTTCCAATACTTAAATGGGGAAAGAATTATAAAGCTGCAATGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774810.1
MGNSSADHSAVVQLDADAAAAGRAERSKWLLASAGPPPPWQQLLSSVKETLLPHPKTKQHRPNQLLLFLQSLFPILKWGKNYKAAMFKNDFLAGLTLASLCIPQSIGYANLAKMDPQYGLYTSVVPPLIYAVMGSSREIAIGPVAVVSLLLSAMVSKVVDPTADPTAYRRTVFTVTFFTGAFQALFGIFRLGFLVDFLSHAAIVGFMGGAAIVIGLQQLKGLLGITHFTSKTDVVSVLAAVVKALHQQWYPLNSVLGCSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器