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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001286

染色体: Chr07 坐标: 9899737-9900805 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001286
名称SmilChr07G001286
描述uncharacterized SmilChr07G001286
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9899737 - 9900805 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993800
GeneID130993800
locus_tag-
NCBI NameLOC130993800
原始查询LOC130993800

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0271500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0271500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0271500
-
identity=32.2; qcov=0.59; evalue=7.47e-25; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF13952 (DUF4216)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774818.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774818.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774818.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774818.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057774818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9899903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B64,B99,D5
Chr7:9899993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B57,C22,C38
Chr7:9900054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B94,C77
Chr7:9900168 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B101
Chr7:9900168 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 B101
Chr7:9900175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C82
Chr7:9900180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C82
Chr7:9900263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B78,C9
Chr7:9900299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:9900322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,C58
Chr7:9900325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B42
Chr7:9900353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774818.1
295 aa
N
1
148
295
DUF4216
C
PF13952 DUF4216 141-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774818.1 Pfam PF13952 DUF4216 Domain 141 215 2.8e-19 70.2 Domain of unknown function (DUF4216)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918835.1
AAGCAACCTGAGCAATACTTTGGAAAAATGACGACGAGATACTTAGATGAAAAAGAGTATCACGCTGCTCATACTTATGTTCTACTAAATTGCAAAGAAGTGACACAAACATATCTCAAGTTATTCGTGGCTGAATTGCGTGCATTACACGTCTCAGAAGCTGATATTAACCATCAGATGGAAATCCAATTTTCAGATTGGTTCCGATCATATGTGTCAAATCCTGCAAATCACGTGGTTAATGAGTTTCTAATTGCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993800
ATGACGACGAGATACTTAGATGAAAAAGAGTATCACGCTGCTCATACTTATGTTCTACTAAATTGCAAAGAAGTGACACAAACATATCTCAAGTTATTCGTGGCTGAATTGCGTGCATTACACGTCTCAGAAGCTGATATTAACCATCAGATGGAAATCCAATTTTCAGATTGGTTCCGATCATATGTGTCAAATCCTGCAAATCACGTGGTTAATGAGTTTCTAATTGCTCTCGCAAAGGGCCCCCTAGTCATGGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774818.1
MTTRYLDEKEYHAAHTYVLLNCKEVTQTYLKLFVAELRALHVSEADINHQMEIQFSDWFRSYVSNPANHVVNEFLIALAKGPLVMVKTYPGFYVNGYKFHTMMHGTNRASMNSGVCIKGECYGSDENGELDYYGRLLEVCELEYMGLPLKTITLFKCEWFDPSPCRTSVHPQFKLVSINHTRRYGGYEPFVLADQAIQVYYCTYPSLRSDRKDWWEVCKIKARSKVEVPNAVEETVVNQPSQEDDLMTPTNPNIDDDTII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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