当前解析结果
SmilChr07G001286| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001286 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001286 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001286 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9899737 - 9900805 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993800 |
|---|---|
| GeneID | 130993800 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993800 |
| 原始查询 | LOC130993800 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0271500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0271500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0271500- identity=32.2; qcov=0.59; evalue=7.47e-25; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13952 (DUF4216) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993800 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774818.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774818.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774818.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774818.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057774818.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9899903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B64,B99,D5 |
Chr7:9899993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,B57,C22,C38 |
Chr7:9900054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B94,C77 |
Chr7:9900168 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr7:9900168 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr7:9900175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,C82 |
Chr7:9900180 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,C82 |
Chr7:9900263 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B37,B78,C9 |
Chr7:9900299 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr7:9900322 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B42,C58 |
Chr7:9900325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B42 |
Chr7:9900353 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774818.1PF13952
DUF4216 141-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774818.1 |
Pfam | PF13952 |
DUF4216 | Domain | 141 | 215 | 2.8e-19 | 70.2 | Domain of unknown function (DUF4216) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。