Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001530`

染色体: Chr07 坐标: 12378859-12380690 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001530`
名称	SmilChr07G001530
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	12378859 - 12380690 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993822`
GeneID	`130993822`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993822`
原始查询	`LOC130993822`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=33.8; qcov=0.76; evalue=2.46e-76; confidence=low
Rice	`Os12g0225300` - identity=31.9; qcov=0.757; evalue=6.41e-67; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774842.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057774842.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774842.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774842.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774842.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:12378869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr7:12378928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B44,B61
`Chr7:12378950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C36
`Chr7:12378958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B37,B66
`Chr7:12378961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,B59,B86
`Chr7:12378999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B108,B122,C66
`Chr7:12379048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,C38,C86
`Chr7:12379112`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,C79
`Chr7:12379114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,C66
`Chr7:12379134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,C11,C51,C69
`Chr7:12379174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr7:12379181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774842.1

580 aa

290

580

MULE

SWIM

PF10551 MULE 109-201 aa PF04434 SWIM 396-417 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774842.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	109	201	2.4e-26	92.7	MULE transposase domain
`XP_057774842.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	396	417	0.00027	21.1	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918859.1
ATGGATGAGTCACATCAGATGATTATGCTGAAGTGTGCCAAGTCCAATATTGGACCAGTGAGGGCATTTCGTATTTTTAAAGAACTGGTTGGAAGTTTTGAGGAAGTGGGGTGCACCAGCAAGGACTTTAAAAACCTATCGTACACCATGAATTCATACGCGGATGGTGTTGATGCACAACTACTACTTGACAGGTTTCTAAGTAAACGTGAAACTGATGAATGTTTCAAGTGTGAATATTTAGTTGATGAAACTCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993822
ATGGATGAGTCACATCAGATGATTATGCTGAAGTGTGCCAAGTCCAATATTGGACCAGTGAGGGCATTTCGTATTTTTAAAGAACTGGTTGGAAGTTTTGAGGAAGTGGGGTGCACCAGCAAGGACTTTAAAAACCTATCGTACACCATGAATTCATACGCGGATGGTGTTGATGCACAACTACTACTTGACAGGTTTCTAAGTAAACGTGAAACTGATGAATGTTTCAAGTGTGAATATTTAGTTGATGAAACTCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774842.1
MDESHQMIMLKCAKSNIGPVRAFRIFKELVGSFEEVGCTSKDFKNLSYTMNSYADGVDAQLLLDRFLSKRETDECFKCEYLVDETHKVKSLFWSDAVAIQNYSLFGDAVSFNATYKTNRYDMIFAPFTGKDNHGGCVTFGAGLLTREDVNSYSWILKQFIECMGTAPAMIITDQDPALKIAVENVMPNTRHRFCMWHIMMKLAQKLPNSLQEDAELKSEIHFVVWSELDEPVDFERKWTEVLDQYELTDNTWLADMFSLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器