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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001636

染色体: Chr07 坐标: 13768909-13770309 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001636
名称SmilChr07G001636
描述protein VAPYRIN-LIKE-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向13768909 - 13770309 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993841
GeneID130993841
locus_tag-
NCBI NameLOC130993841
原始查询LOC130993841

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein VAPYRIN-LIKE-like
产物protein VAPYRIN-LIKE-like
ArabidopsisAT2G03430 (AT2G03430)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814872]
identity=33; qcov=0.468; evalue=2.33e-21; confidence=low
RiceOs03g0655500
-
identity=30.2; qcov=1.04; evalue=2.09e-37; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0097543 (ciliary inversin compartment); GO:1904108 (protein localization to ciliary inversin compartment)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774863.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057774863.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774863.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774863.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:13769107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C60
Chr7:13769215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B38,B39,B44,B66
Chr7:13769324 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A21
Chr7:13769324 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A21
Chr7:13769327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:13769510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:13769547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:13769807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B48,B56,B96,C61
Chr7:13769812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774863.1
466 aa
N
1
233
466
Ank_2
Ank_4
Ank_5
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_2
Ank_5
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_4
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank
C
PF12796 Ank_2 227-289 aa PF13637 Ank_4 228-279 aa PF13857 Ank_5 250-297 aa PF00023 Ank 258-289 aa PF13606 Ank_3 259-286 aa PF13637 Ank_4 282-312 aa PF12796 Ank_2 282-340 aa PF13857 Ank_5 284-331 aa PF13606 Ank_3 291-314 aa PF00023 Ank 292-314 aa PF13637 Ank_4 297-345 aa PF12796 Ank_2 351-441 aa PF13637 Ank_4 353-399 aa PF13606 Ank_3 379-407 aa PF00023 Ank 379-410 aa PF13637 Ank_4 384-433 aa PF00023 Ank 413-438 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774863.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 227 289 2.5e-46 156.9 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057774863.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 228 279 6.5e-43 144.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 250 297 1.8e-23 83.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 258 289 1.1e-37 126.7 Ankyrin repeat
XP_057774863.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 259 286 9.5e-30 99.7 Ankyrin repeat
XP_057774863.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 282 312 6.5e-43 144.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 282 340 2.5e-46 156.9 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057774863.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 284 331 1.8e-23 83.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 291 314 9.5e-30 99.7 Ankyrin repeat
XP_057774863.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 292 314 1.1e-37 126.7 Ankyrin repeat
XP_057774863.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 297 345 6.5e-43 144.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 351 441 2.5e-46 156.9 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057774863.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 353 399 6.5e-43 144.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 379 407 9.5e-30 99.7 Ankyrin repeat
XP_057774863.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 379 410 1.1e-37 126.7 Ankyrin repeat
XP_057774863.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 384 433 6.5e-43 144.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057774863.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 413 438 1.1e-37 126.7 Ankyrin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918880.1
ATGGACAGACTAATCAAACCAGAAGTTCAAGAACTCAACTTGGCATTCATCAAAGGTCAGAAATGCAGCCAAACATTCAACCTCAGAAACCTAATGCACACCATGCCAGTTGCAGTTTCCCTCACATCAACCGATCCATCGGTTTTCTCTCTCCACCCTTGTCTCTCTGTCATCCCACCTCTCTCCACTGCCTCCTTCTCCCTCTCCTTGACCAAGCCTTATGATCAGCCTCCTCTCTCCACCCCTCCCGCCGCCGTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993841
ATGGACAGACTAATCAAACCAGAAGTTCAAGAACTCAACTTGGCATTCATCAAAGGTCAGAAATGCAGCCAAACATTCAACCTCAGAAACCTAATGCACACCATGCCAGTTGCAGTTTCCCTCACATCAACCGATCCATCGGTTTTCTCTCTCCACCCTTGTCTCTCTGTCATCCCACCTCTCTCCACTGCCTCCTTCTCCCTCTCCTTGACCAAGCCTTATGATCAGCCTCCTCTCTCCACCCCTCCCGCCGCCGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774863.1
MDRLIKPEVQELNLAFIKGQKCSQTFNLRNLMHTMPVAVSLTSTDPSVFSLHPCLSVIPPLSTASFSLSLTKPYDQPPLSTPPAAVVVRSSMLPTRKASHDHLLHLFSKPGPHIFKDATIPISLVGLNVAQFLLSPCSNSLELDFQFSKAISVCDEQQLTSLLRAAVANGKSYLISTLIEAGAEVSCRERSDDEESLLCLAIRSERIESLQLLIESGCAVDPRVDLLLHAAVAVKRVDMMEIVCLSYVDLDLNAVDVQGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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