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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001699

染色体: Chr07 坐标: 14422284-14425221 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001699
名称SmilChr07G001699
描述uncharacterized SmilChr07G001699
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14422284 - 14425221 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993858
GeneID130993858
locus_tag-
NCBI NameLOC130993858
原始查询LOC130993858

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G28810 (AT5G28810)
Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]
identity=30.2; qcov=0.145; evalue=5.82e-09; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993858

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774878.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057774878.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057774878.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057774878.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774878.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14422302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,C1,C72
Chr7:14422335 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B66,D2,D7
Chr7:14422335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,D2,D7
Chr7:14422345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B46,B68,B85,D2
Chr7:14422375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,D4
Chr7:14422376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C77
Chr7:14422379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C11
Chr7:14422381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B46,C11,C8
Chr7:14422382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B70
Chr7:14422826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B22,B44,B91,C76
Chr7:14422827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B63,B83,C17
Chr7:14422871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B44,C17,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918895.1
ATGAGTGAAACTGAATCCGACTACTCCAGAGAGGAAGAACAGCCTGTAGAACGAGGCCATCGCCCGAGTACATCGAGGAGGGAAAAATACCCGATGCCGAATCCGCCTCCGAGGCATGCTTGGTTACGTCCGTGCATGCAAGGTTATGCCGGACGAATCAATCACTATGTAAAGGACACGACACTGAAGGAAGTAGAGACCTGTCTGACGCACTACCAGCGTTTAGAACAATTTAAGAAAGGTCCGTTTGGGCATTTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993858
ATGAGTGAAACTGAATCCGACTACTCCAGAGAGGAAGAACAGCCTGTAGAACGAGGCCATCGCCCGAGTACATCGAGGAGGGAAAAATACCCGATGCCGAATCCGCCTCCGAGGCATGCTTGGTTACGTCCGTGCATGCAAGGTTATGCCGGACGAATCAATCACTATGTAAAGGACACGACACTGAAGGAAGTAGAGACCTGTCTGACGCACTACCAGCGTTTAGAACAATTTAAGAAAGGTCCGTTTGGGCATTTACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774878.1
MSETESDYSREEEQPVERGHRPSTSRREKYPMPNPPPRHAWLRPCMQGYAGRINHYVKDTTLKEVETCLTHYQRLEQFKKGPFGHLLQLKRQDSANAALHHLLARELYDEAFGPWEKWFHVGGHDIRFGAVEYCLSGQQCPGLFEGGQYSRGVDLLFCRDYKYVHDWVWALVEEDQKWSDFPWGSYSFQMLCHGMSVLKKHPNEITGNRKTYHFYGPIWALQIWSYEAIPRLGRACGMRDPRLQMPRLVNWTTWKSASDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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