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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001744

染色体: Chr07 坐标: 14801011-14804167 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001744
名称SmilChr07G001744
描述BAG family molecular chaperone regulator 8, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14801011 - 14804167 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993870
GeneID130993870
locus_tag-
NCBI NameLOC130993870
原始查询LOC130993870

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述BAG family molecular chaperone regulator 8, chloroplastic-like
产物BAG family molecular chaperone regulator 8%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G29310 (AT3G29310)
calmodulin-binding protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822589]
identity=35.2; qcov=0.948; evalue=1.96e-17; confidence=low
RiceOs05g0512400
-
identity=42.9; qcov=0.438; evalue=1.28e-12; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993870

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774889.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774889.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774889.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774889.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774889.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14801051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B55,D6
Chr7:14801123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B26,C45
Chr7:14801130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B60,C15,C35,C64,C66
Chr7:14801167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:14801183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C20
Chr7:14801230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B60,C15,C35,C64,C66
Chr7:14801232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B132,B55,C85,D6
Chr7:14801245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C83
Chr7:14801272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B60,C15,C35,C64,C66
Chr7:14801276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B129,B7,D6,D7
Chr7:14801292 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B48
Chr7:14801292 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918906.1
ATGGATCGGATCTACAGAGTGCCAGCTCCAGTTAGGGCGAATCGATCAATAACCCTCCGCCACCTCAAAGACTTAGCTTCGATCAAGTCGAGTCTCGGATTTCTCAAATCCTCAGTCTCTCAAAAAACCCACTTCGATTACGACGCCGTTTATCGTAAAGCTGCGAACTTGCTCCTCAAACTCGACGCCATTCAGGGTGGCAACCCCATGATTAGAAATGAGAGAATTTCTTTGAGCAGAGAGGTATATAAATTCTTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993870
ATGGATCGGATCTACAGAGTGCCAGCTCCAGTTAGGGCGAATCGATCAATAACCCTCCGCCACCTCAAAGACTTAGCTTCGATCAAGTCGAGTCTCGGATTTCTCAAATCCTCAGTCTCTCAAAAAACCCACTTCGATTACGACGCCGTTTATCGTAAAGCTGCGAACTTGCTCCTCAAACTCGACGCCATTCAGGGTGGCAACCCCATGATTAGAAATGAGAGAATTTCTTTGAGCAGAGAGGTATATAAATTCTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774889.1
MDRIYRVPAPVRANRSITLRHLKDLASIKSSLGFLKSSVSQKTHFDYDAVYRKAANLLLKLDAIQGGNPMIRNERISLSREVYKFLDFIEGACVQRRIVKQNLRSRVSICERKLGNVESGWSKRVNVEKLRGLVERIDRLIEELDEAEQCEEIENPKGELLMRKSGGGGGLVKQGGGVGPKVKKNVSFAENG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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