Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001818`

染色体: Chr07 坐标: 15604158-15606753 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001818`
名称	SmilChr07G001818
描述	flavanone 3-dioxygenase 3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	15604158 - 15606753 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993881`
GeneID	`130993881`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993881`
原始查询	`LOC130993881`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	flavanone 3-dioxygenase 3
产物	flavanone 3-dioxygenase 3
Arabidopsis	`AT5G07480` (KUOX1) KAR-UP oxidoreductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830640] identity=54.5; qcov=0.994; evalue=1.74e-135; confidence=high
Rice	`Os04g0667400` (OsSTA135) - identity=44.1; qcov=0.855; evalue=6.31e-92; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774899.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774899.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774899.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774899.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774899.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:15604533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:15604620`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A16,B85
`Chr7:15604620`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A16,B85
`Chr7:15606031`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A5,B41,C12,C42
`Chr7:15606031`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A5,B41,C12,C42
`Chr7:15606065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B72,C27
`Chr7:15606216`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:15606264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774899.1

358 aa

179

358

DIOX_N

2OG-FeII_Oxy

PF14226 DIOX_N 47-155 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 202-296 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774899.1`	Pfam	`PF14226`	DIOX_N	Family	47	155	1.5e-22	81.1	non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
`XP_057774899.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	202	296	9e-26	90.9	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918916.1
ATGGCGGACAAGTATGAGGATAGTAGTTCATTTTCAATGGGTAAATCCGCACAAGAAAGAGGACTTTCATACGTGCCAAAATGCTACGAAGCGCAAGCTTTTGATAAGTCGAAAAGCGATGCCAACATTTGGGATGCTCCTACTATCGACTTGGCTCGCATCGCAGATCCCACGCACAGATCCATCCTCGTCCAACAAGTTGCAAATGCTTGTCGTAATCATGGTTTCTTTCAAATTGTAAATCATGGGATAGCAGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993881
ATGGCGGACAAGTATGAGGATAGTAGTTCATTTTCAATGGGTAAATCCGCACAAGAAAGAGGACTTTCATACGTGCCAAAATGCTACGAAGCGCAAGCTTTTGATAAGTCGAAAAGCGATGCCAACATTTGGGATGCTCCTACTATCGACTTGGCTCGCATCGCAGATCCCACGCACAGATCCATCCTCGTCCAACAAGTTGCAAATGCTTGTCGTAATCATGGTTTCTTTCAAATTGTAAATCATGGGATAGCAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774899.1
MADKYEDSSSFSMGKSAQERGLSYVPKCYEAQAFDKSKSDANIWDAPTIDLARIADPTHRSILVQQVANACRNHGFFQIVNHGIAEATVEGALSVASTFLNLSTESKAKYMSNDVHNPVRYGTSLKDGVDKLQFWRTFLKHYSHPLNHWIHMWPDSPLHYRQKMGEYVVELQKLAEKMMGLISESLGVGPNYWKKKVDEGMQVMTVNGYPACPQPELALGLPPHSDYCCLTLLLQDSPGLQILDRGTNTWMLVPVVEGAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器