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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001932

染色体: Chr07 坐标: 16732461-16733150 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001932
名称SmilChr07G001932
描述uncharacterized SmilChr07G001932
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16732461 - 16733150 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993894
GeneID130993894
locus_tag-
NCBI NameLOC130993894
原始查询LOC130993894

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0204200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0204200; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G40390 (AT1G40390)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840761]
identity=27.2; qcov=0.69; evalue=9.76e-10; confidence=low
RiceOs04g0204200
-
identity=30.5; qcov=0.76; evalue=3.09e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774912.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774912.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774912.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774912.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16732495 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 58 A16,A18,A25,A5,A6,B10,B100,B107,B11,B112,B114,B121,B125,B129,B13,B14,B17,B22,B24,B33,B37,B44,B5,B50,B59,B61,B62,B65,B68,B72,B73,B76,B78,B82,B85,B89,B94,C14,C16,C27,C3,C30,C37,C38,C42,C44,C49,C5,C50,C53,C58,C59,C6,C60,C62,C72,C82,D2
Chr7:16732554 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 12 B132,B138,B31,B34,B7,B91,C15,C19,C21,C31,C52,D8
Chr7:16732609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:16732634 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 26 A6,B109,B113,B120,B134,B14,B19,B38,B39,B73,B77,B80,B83,B97,C11,C21,C31,C33,C63,C68,C69,C72,C76,C8,D11,D9
Chr7:16732637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:16732643 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 24 A3,A6,B109,B113,B120,B134,B14,B19,B38,B39,B73,B77,B80,B97,C11,C21,C33,C63,C68,C69,C72,C8,D11,D9
Chr7:16732645 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 23 A3,A6,B109,B113,B120,B134,B14,B19,B38,B39,B73,B77,B80,B97,C11,C21,C33,C63,C68,C69,C72,C8,D11
Chr7:16732650 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 22 A3,A6,B109,B113,B120,B134,B14,B19,B39,B73,B77,B80,B97,C11,C21,C33,C63,C69,C72,C73,C8,D11
Chr7:16732652 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 22 A3,A6,B109,B113,B120,B134,B14,B19,B39,B73,B77,B80,B97,C11,C21,C33,C63,C69,C72,C73,C8,D11
Chr7:16732687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:16732752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr7:16732754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918929.1
ATGGATAAGATTGCAGTTTGGGGATCAGAGAAGGGAGAAATAGCAGTGCGGAATGCCGAAGGGAGATTAGGAGGTATACTCACAATGTGGAATCCAGAAAAGTTTTCTGTATCCAGCCAGTGGGAAGCTCCGGGGCTAGTGTTCGTGAATGGTCTATGGAATTCTAATTCAAGTATCTTTTGTTGCTGCTCTATCAATGTTTATGCACAACAAAGTCTACCGGAGAGACTTATTTTGTGGGATATTATCAGCTCGGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993894
ATGGATAAGATTGCAGTTTGGGGATCAGAGAAGGGAGAAATAGCAGTGCGGAATGCCGAAGGGAGATTAGGAGGTATACTCACAATGTGGAATCCAGAAAAGTTTTCTGTATCCAGCCAGTGGGAAGCTCCGGGGCTAGTGTTCGTGAATGGTCTATGGAATTCTAATTCAAGTATCTTTTGTTGCTGCTCTATCAATGTTTATGCACAACAAAGTCTACCGGAGAGACTTATTTTGTGGGATATTATCAGCTCGGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774912.1
MDKIAVWGSEKGEIAVRNAEGRLGGILTMWNPEKFSVSSQWEAPGLVFVNGLWNSNSSIFCCCSINVYAQQSLPERLILWDIISSVVEQNVDSWICIGRDFKLIRDTPERARRSFNFHSRDIMAFDGFIKDNELIDIRLQGMRFTWYQPQGNCKSKLDRFVVNEKWLQSWPHTKVVGLPRTVSDHCPLLLETKYVDWGPKPFCFINSWTSHPDFEKVMRDSWNKSGIQG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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