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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001959

染色体: Chr07 坐标: 17060875-17066439 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001959
名称SmilChr07G001959
描述interactor of constitutive active ROPs 3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向17060875 - 17066439 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993900
GeneID130993900
locus_tag-
NCBI NameLOC130993900
原始查询LOC130993900

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述interactor of constitutive active ROPs 3-like
产物interactor of constitutive active ROPs 3-like
ArabidopsisAT2G37080 (RIP2)
ROP interactive partner 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818284]
identity=40; qcov=0.579; evalue=1.22e-25; confidence=medium
RiceOs05g0122600
-
identity=37.6; qcov=0.599; evalue=2.4e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993900

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774919.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774919.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774919.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774919.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:17060883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:17062647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C13,C60
Chr7:17062752 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 27 A18,B107,B115,B125,B17,B26,B31,B39,B48,B64,B66,B71,B76,B8,B90,B92,B97,C13,C20,C3,C38,C5,C54,C62,C77,C86,D6
Chr7:17062796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr7:17062810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B137,B66,B8
Chr7:17062812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B66,B99,C37
Chr7:17063802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B84,C11
Chr7:17064205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr7:17064673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918936.1
ATGTATCGGTCGAAGATAGGAGGCATGCACACGACCCTTAAAGATAGGAACCCCAAGGTAGACACTCACATTCAACAGCTTGATCAATATTTGAAGAAATTTGATGAGGATCTTCGGCGTGTTGCAGAGTGCCCATCTGCCACTGTGTACAATGAATTTATATCATGTTTCTCACAGTTTCTGTATCTTTTGAGGGCGGAAGAAGACGCGCCTTGCAACAGCAAATGCAGCTGCCTCCTAGACAAAGCAATCAAGGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993900
ATGTATCGGTCGAAGATAGGAGGCATGCACACGACCCTTAAAGATAGGAACCCCAAGGTAGACACTCACATTCAACAGCTTGATCAATATTTGAAGAAATTTGATGAGGATCTTCGGCGTGTTGCAGAGTGCCCATCTGCCACTGTGTACAATGAATTTATATCATGTTTCTCACAGTTTCTGTATCTTTTGAGGGCGGAAGAAGACGCGCCTTGCAACAGCAAATGCAGCTGCCTCCTAGACAAAGCAATCAAGGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774919.1
MYRSKIGGMHTTLKDRNPKVDTHIQQLDQYLKKFDEDLRRVAECPSATVYNEFISCFSQFLYLLRAEEDAPCNSKCSCLLDKAIKEKVQNNQGKGEENSELILEALFSYDLENDLKNVKDQLCSSEKSKKQAQRDADESNQELSVLSSKLEESEKKLLELSASRNALTVELSETSEERDRSLQAELEALHKQQLQESAALASALDEIERLKAQLAMVAASEANNSESAPTELHNLNEALVVVEEMKKQLSDSKKSEAEAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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