Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001963`

染色体: Chr07 坐标: 17155333-17158036 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001963`
名称	SmilChr07G001963
描述	transcription factor MYB60-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	17155333 - 17158036 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993902`
GeneID	`130993902`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993902`
原始查询	`LOC130993902`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB60-like
产物	transcription factor MYB60-like
Arabidopsis	`AT2G37630` (AS1) myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818340] identity=74.5; qcov=0.485; evalue=4.64e-41; confidence=medium
Rice	`Os12g0572000` (OsMYB91) - identity=66.4; qcov=0.53; evalue=2.99e-34; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774920.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057774920.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774920.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774920.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774920.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:17155368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr7:17155433`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B129,B50,B76,B94,C13,C49,C53
`Chr7:17155441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C41
`Chr7:17155456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B94,C31
`Chr7:17155464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,C31,D11
`Chr7:17155479`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	38	A21,A23,B101,B108,B12,B120,B14,B140,B16,B2,B21,B35,B51,B52,B60,B64,B69,B80,B9,B91,B93,B94,C1,C10,C13,C17,C20,C21,C24,C27,C34,C42,C43,C70,C79,C81,C83,D1
`Chr7:17155481`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	39	A21,A23,B108,B12,B120,B14,B140,B16,B2,B21,B35,B51,B52,B60,B64,B69,B80,B9,B91,B93,B94,C1,C10,C13,C17,C20,C21,C24,C27,C34,C42,C43,C48,C70,C79,C81,C83,D1,D10
`Chr7:17155485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C41
`Chr7:17155492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr7:17155515`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A14,A6,B101,B126,B20,B46,B53,B63,B84,B97,B98,C29,C43,C52,C59,C74
`Chr7:17155518`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B111,B118,B57,B8,C20
`Chr7:17155518`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B111,B118,B57,B8,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918937.1
ATGGGAAGGAGAAGCTTTGAATCGAAAGGGGAGGCCATCCTTGGAACCTTTGAATTGGAAGGGGAGGCTGGTGATGGCTCGTCGAATTCTGGAAATGGTGACGGCGGCGTGGCGGACCGCCTAGAGCAGGAAGAAGGCAGTGGAGAATGGCTCTCACCGGAAACTCGCCGGAAATCTTGTCTCGGGAGGTGGAAGAACTATCTCAAGCTGGGCATCAAGAAAGGCTCCCTCACCCAAGATGAGCAGTCTCTCGTCGTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993902
ATGGGAAGGAGAAGCTTTGAATCGAAAGGGGAGGCCATCCTTGGAACCTTTGAATTGGAAGGGGAGGCTGGTGATGGCTCGTCGAATTCTGGAAATGGTGACGGCGGCGTGGCGGACCGCCTAGAGCAGGAAGAAGGCAGTGGAGAATGGCTCTCACCGGAAACTCGCCGGAAATCTTGTCTCGGGAGGTGGAAGAACTATCTCAAGCTGGGCATCAAGAAAGGCTCCCTCACCCAAGATGAGCAGTCTCTCGTCGTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774920.1
MGRRSFESKGEAILGTFELEGEAGDGSSNSGNGDGGVADRLEQEEGSGEWLSPETRRKSCLGRWKNYLKLGIKKGSLTQDEQSLVVHLQAKHDNKRKKIAAEVPGRTAKRLGKKWWEVFKDKQQREHKDNNKEALDPILDSKYDHLLETFGEKLVNSITMPPTPNGGGTFLQHTDPSPAPLSREVVWREEILERAFLVHSIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器