Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001973

染色体: Chr07 坐标: 17303250-17303770 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001973
名称SmilChr07G001973
描述AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor At1g50680-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向17303250 - 17303770 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993904
GeneID130993904
locus_tag-
NCBI NameLOC130993904
原始查询LOC130993904

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor At1g50680-like
产物AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor At1g50680-like
ArabidopsisAT1G50680 (AT1G50680)
AP2/B3 transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841490]
identity=58.4; qcov=0.575; evalue=5.58e-23; confidence=medium
RiceOs01g0693400 (AP2/EREBP#127)
-
identity=64.9; qcov=0.425; evalue=9.62e-19; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774922.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057774922.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774922.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774922.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918939.1
ATGGAAGAAGAGATGGTTTCAGCAGCAAGAGAGGTTGGAGGGTGGAGAAGAGAAAGATTCAAGGGCGTGGTCCCACAGCCAAACGGCCACTGGGGCGCACAGATATACGCCAACCAGCAGCGCATATGGCTGGGGACGTTCAAATCCGAGACGTCCGCAGCCATAGCCTACGACAGCGCCGCCATGAAGCTCCGCCACGGGGATTCCCACACAAACTTCCCACCAACGGCTCTGGAACTTGGGTTCCAGAGCCAGTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993904
ATGGAAGAAGAGATGGTTTCAGCAGCAAGAGAGGTTGGAGGGTGGAGAAGAGAAAGATTCAAGGGCGTGGTCCCACAGCCAAACGGCCACTGGGGCGCACAGATATACGCCAACCAGCAGCGCATATGGCTGGGGACGTTCAAATCCGAGACGTCCGCAGCCATAGCCTACGACAGCGCCGCCATGAAGCTCCGCCACGGGGATTCCCACACAAACTTCCCACCAACGGCTCTGGAACTTGGGTTCCAGAGCCAGTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774922.1
MEEEMVSAAREVGGWRRERFKGVVPQPNGHWGAQIYANQQRIWLGTFKSETSAAIAYDSAAMKLRHGDSHTNFPPTALELGFQSQLSTEAPPLPQGADPKRRGQAQPPRHPQEVRGEAFPRRARGAAGAAGGVR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器