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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002025

染色体: Chr07 坐标: 18237137-18238066 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002025
名称SmilChr07G002025
描述uncharacterized SmilChr07G002025
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18237137 - 18238066 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993921
GeneID130993921
locus_tag-
NCBI NameLOC130993921
原始查询LOC130993921

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=27.7; qcov=0.922; evalue=8.71e-23; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=31.6; qcov=0.871; evalue=4.62e-28; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774940.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057774940.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774940.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774940.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18237177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,C73,D10
Chr7:18237196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C39
Chr7:18237234 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B2
Chr7:18237234 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B2
Chr7:18237257 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 34 A1,A18,A19,A20,B107,B111,B13,B134,B139,B2,B21,B34,B35,B41,B55,B57,B58,B70,B86,C18,C2,C23,C27,C28,C3,C34,C35,C39,C40,C50,C72,C75,C76,C79
Chr7:18237262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr7:18237274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B98,C47
Chr7:18237286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:18237299 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B13,B18,B44,B49,B79,C51
Chr7:18237354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr7:18237358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:18237390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B48,D10,D4,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918957.1
ATGCAAGTGGTACAGAAAGTGTGGGAAGAAACGAACATTCCGGGTTGGAGTTGCTTCGTGTTCAAAGAAAAGCTCAAGAAATTGAAGTTAGTCTTGAAAGAATGGAACAAGAATTCGTTTGAAAACATCGAGCATTCGATCAAATCTCTGAAGGACGAGCTCCAAGCATGGGACATCCTTGATTATGCTTTTGGCCTGGATGAGAAGGAAACCATTAGGAGGAACAAAATCAAAGCCAATCTTATCCTGCAAACGAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993921
ATGCAAGTGGTACAGAAAGTGTGGGAAGAAACGAACATTCCGGGTTGGAGTTGCTTCGTGTTCAAAGAAAAGCTCAAGAAATTGAAGTTAGTCTTGAAAGAATGGAACAAGAATTCGTTTGAAAACATCGAGCATTCGATCAAATCTCTGAAGGACGAGCTCCAAGCATGGGACATCCTTGATTATGCTTTTGGCCTGGATGAGAAGGAAACCATTAGGAGGAACAAAATCAAAGCCAATCTTATCCTGCAAACGAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774940.1
MQVVQKVWEETNIPGWSCFVFKEKLKKLKLVLKEWNKNSFENIEHSIKSLKDELQAWDILDYAFGLDEKETIRRNKIKANLILQTRNKISLLQHKAKARWLKEGYLNSSFYHKVIVGRRKKNEMLGMMFENQWIDEPTVIKERVKNFFEKNFRKRNRTLPILRSDFAARKLSNEDKMWLIRPFTEEEIKDAIWSCEGNKSPGPEDFNINFWIKSWEVIKDDFIQVMKDFHTKGKIPRDCNSSFIVLIPNKDEAYSLDEFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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