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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002050

染色体: Chr07 坐标: 18619266-18620233 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002050
名称SmilChr07G002050
描述uncharacterized SmilChr07G002050
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18619266 - 18620233 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993926
GeneID130993926
locus_tag-
NCBI NameLOC130993926
原始查询LOC130993926

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G13770 (AT2G13770)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]
identity=44.1; qcov=0.654; evalue=1.35e-21; confidence=medium
RiceOs01g0872900
-
identity=51.6; qcov=0.782; evalue=2.8e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04827 (Plant_tran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993926

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774945.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774945.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774945.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774945.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057774945.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18619280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C34,C46
Chr7:18619286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr7:18619287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:18619296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B95,C41,C74
Chr7:18619298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C34,C46
Chr7:18619299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr7:18619302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C34,C46
Chr7:18619365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B95,C41,C74
Chr7:18619385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,C46
Chr7:18619387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B33
Chr7:18619393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,A3,B80
Chr7:18619405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774945.1
156 aa
N
1
78
156
Plant_tran
C
PF04827 Plant_tran 83-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774945.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 83 125 1.3e-06 28.9 Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918962.1
ATGCAGAAGGAGTTGTTCTTGCGCATCGTCGAGGCTGTTCAAGGTGAAGATACTTATTTTCAGATGAGTCATGATGCACGAGGTCGGAACTCTCTCACGCCTTTGCAGAAATACACGGCGGCTATCCGCCAATTAGCCACCGGCGTCAGTGAGGATACTTTCGACGAGTATCTCAAGGTCGCCGACACGACAGGGCGTCTATGCCTCAAGAGATTATGCAAGACAGTCATTCGGGCTTTCAAAGCCGAGTATCTTCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993926
ATGCAGAAGGAGTTGTTCTTGCGCATCGTCGAGGCTGTTCAAGGTGAAGATACTTATTTTCAGATGAGTCATGATGCACGAGGTCGGAACTCTCTCACGCCTTTGCAGAAATACACGGCGGCTATCCGCCAATTAGCCACCGGCGTCAGTGAGGATACTTTCGACGAGTATCTCAAGGTCGCCGACACGACAGGGCGTCTATGCCTCAAGAGATTATGCAAGACAGTCATTCGGGCTTTCAAAGCCGAGTATCTTCGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774945.1
MQKELFLRIVEAVQGEDTYFQMSHDARGRNSLTPLQKYTAAIRQLATGVSEDTFDEYLKVADTTGRLCLKRLCKTVIRAFKAEYLRRPTQADIQRLLQMHKERHGFFGMLGSLDCERAVHWRDDDAGHGASSSDSSESARATLICFKEYVQRDAIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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