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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003555

染色体: Chr01 坐标: 54180745-54184910 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003555
名称SmilChr01G003555
描述tRNA(His) guanylyltransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54180745 - 54184910 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993935
GeneID130993935
locus_tag-
NCBI NameLOC130993935
原始查询LOC130993935

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA(His) guanylyltransferase 1-like
产物tRNA(His) guanylyltransferase 1-like
ArabidopsisAT2G31580 (AT2G31580)
tRNAHis guanylyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817716]
identity=61.1; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0535500
-
identity=45.7; qcov=1.05; evalue=2.28e-152; confidence=high
GOGO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0006400 (tRNA modification); GO:0008193 (tRNA guanylyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF04446 (Thg1); PF14413 (Thg1C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774957.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774965.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774957.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774957.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774957.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54181219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:54181328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:54182020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:54182425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr1:54182782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:54182957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:54182983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C20
Chr1:54183388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54183407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:54183491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D11
Chr1:54184374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:54184583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774957.1
536 aa
N
1
268
536
Thg1
Thg1C
Thg1
Thg1C
C
PF04446 Thg1 6-134 aa PF14413 Thg1C 139-225 aa PF04446 Thg1 274-402 aa PF14413 Thg1C 406-511 aa
XP_057774961.1
536 aa
N
1
268
536
Thg1
Thg1C
Thg1
Thg1C
C
PF04446 Thg1 6-134 aa PF14413 Thg1C 139-225 aa PF04446 Thg1 274-402 aa PF14413 Thg1C 406-511 aa
XP_057774965.1
519 aa
N
1
260
519
Thg1
Thg1C
Thg1
Thg1C
C
PF04446 Thg1 19-117 aa PF14413 Thg1C 122-208 aa PF04446 Thg1 257-385 aa PF14413 Thg1C 389-494 aa
XP_057774971.1
519 aa
N
1
260
519
Thg1
Thg1C
Thg1
Thg1C
C
PF04446 Thg1 19-117 aa PF14413 Thg1C 122-208 aa PF04446 Thg1 257-385 aa PF14413 Thg1C 389-494 aa
XP_057774974.1
499 aa
N
1
250
499
Thg1
Thg1C
Thg1
Thg1C
C
PF04446 Thg1 6-134 aa PF14413 Thg1C 139-180 aa PF04446 Thg1 237-365 aa PF14413 Thg1C 369-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774957.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 6 134 5.7e-101 334.3 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774957.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 139 225 7.3e-61 204.3 Thg1 C terminal domain
XP_057774957.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 274 402 5.7e-101 334.3 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774957.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 406 511 7.3e-61 204.3 Thg1 C terminal domain
XP_057774961.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 6 134 5.7e-101 334.3 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774961.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 139 225 7.3e-61 204.3 Thg1 C terminal domain
XP_057774961.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 274 402 5.7e-101 334.3 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774961.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 406 511 7.3e-61 204.3 Thg1 C terminal domain
XP_057774965.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 19 117 1.7e-89 297.1 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774965.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 122 208 6.3e-61 204.5 Thg1 C terminal domain
XP_057774965.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 257 385 1.7e-89 297.1 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774965.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 389 494 6.3e-61 204.5 Thg1 C terminal domain
XP_057774971.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 19 117 1.7e-89 297.1 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774971.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 122 208 6.3e-61 204.5 Thg1 C terminal domain
XP_057774971.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 257 385 1.7e-89 297.1 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774971.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 389 494 6.3e-61 204.5 Thg1 C terminal domain
XP_057774974.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 6 134 4.6e-101 334.6 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774974.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 139 180 3e-46 157.1 Thg1 C terminal domain
XP_057774974.1 Pfam PF04446 Thg1 Domain 237 365 4.6e-101 334.6 tRNAHis guanylyltransferase
XP_057774974.1 Pfam PF14413 Thg1C Domain 369 474 3e-46 157.1 Thg1 C terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918974.1
AGAAATCAAATTAATCACTCTCAGTTTCGCTCACTCTCGTTCTCTCCTCCGCCACCCACCCACCGCCGTTCTCTGCCTCTCTCACACTCTCACTCTCTCTCTCGTCTCGGCCTCTCTCTTCCGGCCGCCGCCGCCACCTCCGGTCGTCCTCGCCCGGCCCCGCGGCTCCTCCGCCCGCAGCAGCAACAGCTGCCAACGTACAACAGCAGGTATTGAAGACTGAGGTTTGAGACAAATCCACTGGTTTCGGAGGAACTGCA...
XM_057918991.1
AGAAATCAAATTAATCACTCTCAGTTTCGCTCACTCTCGTTCTCTCCTCCGCCACCCACCCACCGCCGTTCTCTGCCTCTCTCACACTCTCACTCTCTCTCTCGTCTCGGCCTCTCTCTTCCGGCCGCCGCCGCCACCTCCGGTCGTCCTCGCCCGGCCCCGCGGCTCCTCCGCCCGCAGCAGCAACAGCTGCCAACGTACAACAGCAGGTATTGAAGACTGAGGTTTGAGACAAATCCACTGGTTTCGGAGGAACTGCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130993935
ATGGCAAACAGCAAGTACGAGTATGTCAAGTCATTTGAGGTGGAGGATGAGATCATGCTTCCCAACATCATCATTGTCCGTGTTGATGCCCGTGATTTCTGCAGGTTTTCTGAAGTGCACGAGTTTGAGAAACCAAATGATAAGAAAGCATTGGAGTTGATGAATGAGTGTGCAAAGGCTGTTTTGGAGCAGTTCCCAGATGTTATATTCTCTTATGGCTACAGTGATGAGTGCAGTTTCATATTCAGAAAGGAAACCAA...
LOC130993935
ATGGCAAACAGCAAGTACGAGTATGTCAAGTCATTTGAGGTGGAGGATGAGATCATGCTTCCCAACATCATCATTGTCCGTGTTGATGCCCGTGATTTCTGCAGGTTTTCTGAAGTGCACGAGTTTGAGAAACCAAATGATAAGAAAGCATTGGAGTTGATGAATGAGTGTGCAAAGGCTGTTTTGGAGCAGTTCCCAGATGTTATATTCTCTTATGGCTACAGTGATGAGTGCAGTTTCATATTCAGAAAGGAAACCAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057774957.1
MANSKYEYVKSFEVEDEIMLPNIIIVRVDARDFCRFSEVHEFEKPNDKKALELMNECAKAVLEQFPDVIFSYGYSDECSFIFRKETKFYQRRGSKILSLIVSFFTSTYVTKWRSLIPQKDLKYAPSFRARVICCASMEVLQAYLLWRQYECHINNQYDTCLWQLINSGKTREEAEATLKGSLKQDKNELLYQCFNINYKKDIPEMFRQGTCTLKTEVEDIVKYKDDGCPVKRRRRKVITVHSENIASKRFWNEKLCLLKE...
XP_057774961.1
MANSKYEYVKSFEVEDEIMLPNIIIVRVDARDFCRFSEVHEFEKPNDKKALELMNECAKAVLEQFPDVIFSYGYSDECSFIFRKETKFYQRRGSKILSLIVSFFTSTYVTKWRSLIPQKDLKYAPSFRARVICCASMEVLQAYLLWRQYECHINNQYDTCLWQLINSGKTREEAEATLKGSLKQDKNELLYQCFNINYKKDIPEMFRQGTCTLKTEVEDIVKYKDDGCPVKRRRRKVITVHSENIASKRFWNEKLCLLKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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