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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002184

染色体: Chr07 坐标: 20054722-20055733 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002184
名称SmilChr07G002184
描述uncharacterized SmilChr07G002184
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20054722 - 20055733 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993941
GeneID130993941
locus_tag-
NCBI NameLOC130993941
原始查询LOC130993941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G24255 (AT3G24255)
RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]
identity=30.2; qcov=0.804; evalue=3.82e-29; confidence=low
RiceOs03g0643433
-
identity=34.5; qcov=0.791; evalue=2.01e-37; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774960.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057774960.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057774960.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774960.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774960.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20054747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B5,B62
Chr7:20054770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B81
Chr7:20054776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C41,C74
Chr7:20054787 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 10 B102,B111,B20,B22,B70,B93,C40,C55,C83,D5
Chr7:20054924 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B37,B59,C3
Chr7:20054924 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B37,B59,C3
Chr7:20054926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B54,B77,C87
Chr7:20054929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B59,B71
Chr7:20054931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B77
Chr7:20054969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B123,B72,C46,C73
Chr7:20054974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:20055048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C59,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918977.1
ATGATGCCAATTTCCAGACGTGATTCCGACTTCACCTATGCTTTGATGGCGATAGACTACCTATCGTTGGAAATCCCCTTTAGTGTACAAAGAGCAGCGGAGAGACAGCTCATTGAAAGAGCAGCGGAGAGACAACTCCTGGTCCCGACGAAGATTGGCAAGGATAAAGTGCCCATTTCACACTTACAGTACGCGGACGACACTATCTTTTTGTTGGAGGCAGATGACAGAAATGTGGAGAGTGTGAAGAAACTACTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993941
ATGATGCCAATTTCCAGACGTGATTCCGACTTCACCTATGCTTTGATGGCGATAGACTACCTATCGTTGGAAATCCCCTTTAGTGTACAAAGAGCAGCGGAGAGACAGCTCATTGAAAGAGCAGCGGAGAGACAACTCCTGGTCCCGACGAAGATTGGCAAGGATAAAGTGCCCATTTCACACTTACAGTACGCGGACGACACTATCTTTTTGTTGGAGGCAGATGACAGAAATGTGGAGAGTGTGAAGAAACTACTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774960.1
MMPISRRDSDFTYALMAIDYLSLEIPFSVQRAAERQLIERAAERQLLVPTKIGKDKVPISHLQYADDTIFLLEADDRNVESVKKLLILFQFVSGLAVNFEKSSLLTVGVDEAVERRWAALLMCKIGSFPCNYLCTKVGGRSNGVGDWKFLVEKVSNKVARWKKIHLSLAGRITLVKSVLQSIPVYQLSIAFIPKVVIKELNSLFSRFLWGGGTQTGGITWFKWNALCFNKKSGGLGFRNVEWFNQVLLIKWLWRFLGEGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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