Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002303`

染色体: Chr07 坐标: 21325260-21326419 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002303`
名称	SmilChr07G002303
描述	RING-H2 finger protein ATL22-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21325260 - 21326419 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993952`
GeneID	`130993952`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993952`
原始查询	`LOC130993952`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL22-like
产物	RING-H2 finger protein ATL22-like
Arabidopsis	`AT5G53110` (AT5G53110) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835391] identity=26.2; qcov=0.939; evalue=3.52e-08; confidence=low
Rice	`Os01g0113300` (OsRLCK3) - identity=35.6; qcov=0.596; evalue=6.4e-14; confidence=low
GO	GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG	-
Pfam	PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057774975.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774975.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774975.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774975.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774975.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21325323`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr7:21325323`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr7:21325385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr7:21325529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:21325660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C52
`Chr7:21325823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C30,D9
`Chr7:21325829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr7:21325899`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:21325942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr7:21326366`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774975.1

297 aa

148

297

GUB_WAK_bind

PF13947 GUB_WAK_bind 28-92 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774975.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	28	92	5.7e-18	65.8	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918992.1
ATGTTGTTTGCAATTCCAAGCATCTTGCTTCTGCTTCTTTTCTTGACAGTTAATTCCAGAGCCCAAGATAACAACATCAACTGCCCTTCTTCATCTTGTGGCAATCTCAGAATCAGCTACCCTTTCAGATTGACAAGTAGCCCCAAATCTTGTGGGTACGACGACCCCAGCTTCGAGCTCGAATGCCGCAACAACCAGACGATTTTCAAGGTGAGATCGAGAATGTATATGGTCCGAGACATCAACTATGAAATATACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993952
ATGTTGTTTGCAATTCCAAGCATCTTGCTTCTGCTTCTTTTCTTGACAGTTAATTCCAGAGCCCAAGATAACAACATCAACTGCCCTTCTTCATCTTGTGGCAATCTCAGAATCAGCTACCCTTTCAGATTGACAAGTAGCCCCAAATCTTGTGGGTACGACGACCCCAGCTTCGAGCTCGAATGCCGCAACAACCAGACGATTTTCAAGGTGAGATCGAGAATGTATATGGTCCGAGACATCAACTATGAAATATACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774975.1
MLFAIPSILLLLLFLTVNSRAQDNNINCPSSSCGNLRISYPFRLTSSPKSCGYDDPSFELECRNNQTIFKVRSRMYMVRDINYEIYSIWVVDPSINRANLSSCPVYSNAYDSWTSIFWSIHLNRPVSFLHCVAPVNSPKYVEAPFCGNTSSTSSQIYSYVMEGDGIALSESCTLDRVVWSSGPKGRSSNPSLGGIYGDLSDGVELSWFRIHCGECSRSNGDCGLEGSRITCKHQCKDDRTTLSQQGFKCQLEYWAPYIVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器