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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002343`

染色体: Chr07 坐标: 21778447-21780152 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002343`
名称	SmilChr07G002343
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21778447 - 21780152 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993958`
GeneID	`130993958`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993958`
原始查询	`LOC130993958`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=54.5; qcov=0.257; evalue=4.97e-35; confidence=weak
Rice	`Os06g0597250` - identity=50.8; qcov=0.977; evalue=1.44e-140; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993958

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774980.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057774980.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057774980.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774980.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774980.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21778447`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A24,B29,B35,C28,C78
`Chr7:21778447`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A24,B29,B35,C28,C78
`Chr7:21778480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C21
`Chr7:21778480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr7:21778484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,C41,C42
`Chr7:21778485`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B118,B5,C45,C63,C87,D4
`Chr7:21778531`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B118,B89,C32
`Chr7:21778531`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,B89,C32
`Chr7:21778554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C76
`Chr7:21778570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B89
`Chr7:21778570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr7:21778573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A14,A24,A3,A4,B108,B110,B120,B46,B85,C29,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774980.1

435 aa

218

435

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 58-96 aa PF04827 Plant_tran 165-368 aa PF13359 DDE_Tnp_4 196-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774980.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	58	96	1e-18	67.5	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057774980.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	165	368	2.1e-92	309.1	Plant transposon protein
`XP_057774980.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	196	359	2.2e-09	37.8	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918997.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGCCGACGAGGTGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCACGCGGATTACTTTGATGAAAATCTGGTCTACCCCGACAACATCTTTCACCGTCGTTTTCGGATGCATCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993958
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGCCGACGAGGTGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCACGCGGATTACTTTGATGAAAATCTGGTCTACCCCGACAACATCTTTCACCGTCGTTTTCGGATGCATCGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774980.1
MSSSSSSHEDERRAEEFSNLVQQFNQIVQDIGDPEEQPRRRRRGARKKAFIRRDREAGAVRLHADYFDENLVYPDNIFHRRFRMHRALFLRIVNAVASDPYFQQRTDATGRPGFTPLQKCIVAVRMLANGGAADQYDEYLWIVESTSLECLRRFSRAIIQLFGVEYLRRPTSADCQRLIAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWAWKNCPTTWQDAYTRGDQGEPTIILEVVASQDLWIWHAFFGTPGSNNDINVLNNSTLFND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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