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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003579

染色体: Chr01 坐标: 54369571-54371350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003579
名称SmilChr01G003579
描述cytochrome P450 71AU50-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54369571 - 54371350 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993970
GeneID130993970
locus_tag-
NCBI NameLOC130993970
原始查询LOC130993970

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71AU50-like
产物cytochrome P450 71AU50-like
ArabidopsisAT5G57260 (CYP71B10)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835831]
identity=38.8; qcov=0.952; evalue=2.83e-125; confidence=medium
RiceOs09g0441400
-
identity=42.2; qcov=0.96; evalue=1.49e-133; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993970

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057774993.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057774993.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774993.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774993.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774993.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54369715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B31,C79
Chr1:54369847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C14,C60
Chr1:54369866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr1:54369908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B14
Chr1:54370052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:54370057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:54370090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:54370337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B80,C6
Chr1:54370422 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B105,B75
Chr1:54370422 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:54370426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B28,B68,C22,C42
Chr1:54370444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B2,B24,B35,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774993.1
496 aa
N
1
248
496
p450
C
PF00067 p450 32-481 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774993.1 Pfam PF00067 p450 Domain 32 481 8.3e-100 335.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919010.1
AAATTGCGCTTATTTAAGGTTTCCCACTTAAGCAAATTAAAGCGTAAACTTCCGACATATATAAATGGCGTGGATTTGGACGACGGCGATCGCAGCGATCTCGTTATTCCTCTACCTCCTTCATCAATGGCGGAACCCCTCAAACAAGAAGAAACTCCCTCCCGGCCCAAAAGGCCTACCGATCATCGGCCATTTCCACTTACTAAGCAAGAATCCTTACCACGATCTTCACCGTCTAGCCCGCAAATACGGCCCGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993970
ATGGCGTGGATTTGGACGACGGCGATCGCAGCGATCTCGTTATTCCTCTACCTCCTTCATCAATGGCGGAACCCCTCAAACAAGAAGAAACTCCCTCCCGGCCCAAAAGGCCTACCGATCATCGGCCATTTCCACTTACTAAGCAAGAATCCTTACCACGATCTTCACCGTCTAGCCCGCAAATACGGCCCGATCATGTACACGCGCTTCGGCTCCATCCCGACCATCATCGTCTCCTCCCCCTCCGCCGCCGAGCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774993.1
MAWIWTTAIAAISLFLYLLHQWRNPSNKKKLPPGPKGLPIIGHFHLLSKNPYHDLHRLARKYGPIMYTRFGSIPTIIVSSPSAAELFLKTHDLSFASRPHSEAAYHMGYEQRNIVFGRYGPYWRSMRKLCTLELLSALKVGQFEPMRRAELAILVSSLREAAAAREVVDMSAKIMSTNADMTCLMVFGRKFAERDFDERGFKEVMVETMVESAAFNLGDYFPYLRWLDLWGSVRRLKKLSVIFDAFLEKIIDDHVERKER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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